-
LAMMPS定向动态键合框架
数据集概述 该数据集包含一个扩展后的LAMMPS框架程序，支持定向键和动态键合功能，可模拟粗粒度模型的化学反应（如DNA杂交动力学），适用于大规模原子/分子并行模拟。 文件详解 文件名称: aeme_v1_0.tar.gz 文件格式: 压缩文件（.gz） 文件内容:...
-
raaSAFT粗粒化分子动力学模拟框架数据集
数据集概述 该数据集包含raaSAFT框架的压缩文件，raaSAFT是基于SAFT-γ Mie力场的Python代码，用于系统高效地设置和运行粗粒化分子动力学模拟。代码依托HOOMD-blue实现GPU加速，支持多种化合物模型，可模拟液液平衡及聚合物-溶剂混合物等体系，相比原子级模拟提速超三个数量级。 文件详解 文件名称：raasaft.tar.gz...
-
FloA与SaeS结合粗粒化模拟数据集
数据集概述 该数据集包含FloA与SaeS结合的粗粒化分子动力学模拟数据，模拟时长为五微秒，为研究两者的相互作用机制提供数据支持。 文件详解 目录: FloA-SaeS simulation/ 文件名称: step_2_mol.xtc 文件格式: XTC（分子动力学轨迹格式） 内容说明: 存储FloA与SaeS结合过程的五微秒分子动力学模拟轨迹数据...
-
PLUMED_2分子模拟增强采样程序数据集
数据集概述 该数据集包含PLUMED 2程序的归档文件，PLUMED 2是一款开源插件，为分子动力学代码提供增强采样算法与集体变量实现，用于计算分子系统自由能表面及分析轨迹。 文件详解 压缩归档文件: 文件名称: PLUMED 2 New feathers for an old bird/aeee_v2_0.tar.gz 文件格式:...
-
CSEP对映异构体分子模拟特性分析数据_图1图2
数据集概述 本数据集包含用于支持图1和图2的分子模拟计算结果，主要涉及CSEP（可能为某种手性化合物）对映异构体的结构特性分析。数据内容包括结合能、溶剂可及表面积（SASA）和比旋光度等关键参数的计算结果，为研究手性分子的结构-性质关系提供定量依据。数据集共包含五个Excel文件。 文件详解 结合能数据（Binding energy） 文件名称：...
-
REST2算法在NAMD中的通用实现数据集
数据集概述 本数据集提供了复本交换溶质调温（REST2）算法在分子动力学软件NAMD中的通用实现，适用于复杂生物物理模拟。该算法可提升采样效率，减少复本数量，支持用户友好的API及高频交换尝试，降低通信开销。 文件详解 文件名称: aexx_v1_0.tar.gz 文件格式: GZ压缩包（.gz） 文件内容:...
-
NWChem开源分子模拟软件数据集
数据集概述 该数据集包含开源计算化学软件NWChem的相关文件，软件适用于大规模化学与生物系统的分子模拟，采用通用计算框架支持多种理论描述，具备可扩展并行实现能力，为科学问题提供高效解决方案。 文件详解 文件名称: aegi_v1_0.tar.gz 文件格式: .gz（压缩包） 内容说明: 可能包含NWChem软件的源代码、可执行文件或相关资源包...
-
ms2分子模拟工具热力学性质计算程序包2_0
数据集概述 本数据集为ms2分子模拟工具的2.0版本程序包，用于计算刚性分子的应用型热力学性质，包括纯流体与多组分混合物的气液平衡、热学与热容量数据及传输性质。程序包支持MPI与OpenMP混合并行化，可在单模拟中系统采样Massieu势导数。 文件详解 文件名称：aejf_v2_0.tar.gz 文件格式：.tar.gz（压缩归档文件）...
-
MoRiBS_PIMC分子转子玻色溶剂路径积分蒙特卡罗模拟程序
数据集概述 本数据集包含MoRiBS-PIMC程序的源代码，该程序用于模拟刚性分子在氦原子、仲氢分子等玻色子溶剂簇中的旋转行为，可计算超流响应、结构与能量性质及偶极算子虚时间关联函数，支持光谱结果的解释与预测。 文件详解 文件名称：afad_v1_0.tar.gz 文件格式：压缩包（.gz） 内容说明：包含MoRiBS-...
-
ms2分子模拟工具3_0版本数据集
数据集概述 该数据集为ms2分子模拟工具的3.0版本发布包，支持计算热力学性质，新增微正则（NVE）、等压等焓（NpH）等系综，包含亥姆霍兹能量导数、化学势计算、扩散系数分析等功能，可单次执行多状态点分子动力学模拟。 文件详解 文件名称：ms2.tar.gz 文件格式：压缩包（.gz）...
-
BCA与MD模拟联合方法性能验证数据集
数据集概述 该数据集包含用于验证BCA-MD联合方法性能的模拟数据，通过系统对比BCA-MD与全MD模拟结果，计算BCA-MD方法的加速比。数据集以.dat格式存储，共22个文件，为评估该联合模拟方法的效率与准确性提供数据支持。 文件详解 该数据集包含22个.dat格式文件，具体说明如下： - 缺陷数量对比文件: -...
-
分子识别路径模拟数据与脚本合集
数据集概述 本数据集为支持研究工作成果而提供的输入文件、参数文件、拓扑文件、轨迹分析脚本以及各模拟的代表性结构和分子识别路径视频的合集。所有内容打包为一个压缩文件，是分子动力学模拟研究中用于重现和分析分子识别过程的关键支持材料。 文件详解 文件名称： Data S1.zip 文件格式： ZIP 字段映射介绍：...
-
ms2分子模拟工具数据集
数据集概述 本数据集包含分子模拟程序ms2的相关文件，该程序用于计算由小型电中性分子组成的平衡态体相流体的热力学性质，支持分子动力学和蒙特卡洛两种模拟技术，可计算纯流体及多组分混合物的气液平衡等性质。 文件详解 压缩包文件: aejf_v1_0.tar.gz: GZ压缩格式，可能包含ms2程序v1.0版本的源代码、可执行文件或相关资源文件 文档文件:...
-
RRKM单分子分解蒙特卡洛模拟程序UNIMOL数据集
数据集概述 本数据集包含UNIMOL程序，用于在分子束实验中对RRKM单分子分解进行蒙特卡洛模拟。该程序可辅助交叉分子束实验中反应与非反应绝对角分布的模拟分析，支持绝对截面和分支比的确定。 文件详解 文件名称: aaoa_v1_0.gz 文件格式: GZ压缩包（.gz） 内容说明:...
-
Fireball从头算分子动力学与电子结构计算Web界面数据集
数据集概述 该数据集包含FireballUI的程序包，FireballUI是一个基于Java的跨平台Web界面工具，用于简化从头算分子动力学、结构优化及电子结构计算的设置与运行流程，支持接入Fireball计算引擎及相关计算科学环境。 文件详解 文件名称：aecf_v1_0.tar.gz 文件格式：压缩包（.tar.gz）...
-
含极性相互作用的液体和固体计算机模拟程序包I_McMOLDYN_H2O水溶液系统
数据集概述 本数据集是用于研究水溶液系统静态和动力学性质的计算机模拟程序包，基于McMOLDYN/H2O程序构建，聚焦含极性相互作用的液体和固体模拟，为相关领域提供计算工具支持。 文件详解 文件名称: aalr_v1_0.gz 文件格式: GZ压缩包（.gz） 文件内容:...
-
METAGUI_3_分子动力学模拟集体变量选择图形用户界面
数据集概述 该数据集包含METAGUI 3图形用户界面相关文件，METAGUI 3用于分子动力学模拟中集体变量的交互式选择，支持定义变量、划分微态、计算自由能、聚类动力学盆地及可视化自由能景观等功能。 文件详解 文件名称: METAGUI3.tar.gz 文件格式: .gz（压缩包格式） 内容说明: 该压缩包可能包含METAGUI...
-
液体及类液体物质分子动力学模拟分析工具包
数据集概述 本数据集为LiquidLib工具包，是用于分析液体及类液体物质的经典与从头算分子动力学模拟轨迹的后处理工具，可计算多种统计量并与中子散射实验数据直接对比，支持多模拟软件格式且具有可扩展性。 文件详解 文件名称：LiquidLib.tar.gz 文件格式：压缩包（.tar.gz）...
-
初始GROMACS结构文件_力场参数文件及配置文件数据集
数据集概述 本数据集包含初始GROMACS结构文件、力场参数文件及对应的GROMACS配置文件，可用于复现相关数据处理流程，涉及原始数据处理与医学CT相关语义关键词。 文件详解 文件名称: rawStruct.tar 文件格式: TAR（.tar） 文件内容:...
-
M_DynaMix可扩展并行分子动力学模拟软件包
数据集概述 本数据集为M.DynaMix软件包，是一款通用、可扩展的并行分子动力学模拟程序，支持任意柔性或刚性分子混合物的模拟，适用于各向同性或有序系统，可在NVE、NVT、NPT等系综下运行。 文件详解 文件名称: adlw_v1_0.tar.gz 文件格式: GZ压缩包（.gz） 内容说明:...
