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基于外向配对末端读段的细菌基因组原噬菌体识别与定位R脚本
2025年12月9日 30 112 56
数据集概述 该数据集包含一套R脚本及相关文件，展示如何使用mVIRs软件包的OPR finder功能识别外向配对末端读段（OPRs），并以此在鼠伤寒沙门氏菌LT2中定位p22原噬菌体。数据文件结构简洁，包含脚本源文件、输出文档及输入数据压缩包，为复现相关研究提供完整工具链。 文件详解 OPR_markdown.Rmd：R...
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激光捕获显微切割胰岛_表达矩阵与代码数据集
2025年12月9日 30 92 72
数据集概述 本数据集包含来自GEO数据集GSE284772的二百六十个胰岛基因表达矩阵，以及对应的分析流程代码。数据集以CSV和ZIP格式存储，为胰岛转录组学研究提供了基础数据与分析工具支持。 文件详解 文件名称: Gene_expression_groups.csv 文件格式: CSV (.csv) 字段示例: probeset_id,...
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DNA条形码参考库自动审计分级系统BAGS相关文档集
2025年12月9日 30 161 116
数据集概述 本数据集包含DNA条形码参考库自动审计分级系统（BAGS）的相关文档，BAGS是基于R语言开发的工具，用于自动化审计和注释动物类群的COI序列库，并对物种进行质量分级，以提升DNA条形码参考库的可靠性。 文件详解 文件名称: README_for_Appendixes_Fontes_etal_2020.pdf 文件格式: PDF 内容说明:...
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Xper3分类学家参考指南表2术语表数据集
2025年12月9日 30 123 103
数据集概述 本数据集是Xper3分类学家参考指南中的表2，核心内容为Xper3系统使用的术语词汇表，包含术语名称及对应的定义，为分类学家等用户理解Xper3系统的描述模型、描述符类型等关键概念提供标准化术语解释。 文件详解 文件名称：table.html 文件格式：HTML（.html）...
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Agarwal_et_al_2025_GAME联合文库数据集_500序列评估容器
2025年12月8日 30 75 73
数据集概述 该数据集是Agarwal等人2025年发布的56k序列联合文库数据集的降采样版本，包含500条序列，以GAME模型评估API的评估容器形式呈现，用于初始预印本研究。 文件详解 文件名称: agarwal_joint_500seqs.sif：文件格式为.sif，占比50%，为GAME模型评估的容器文件 文件名称:...
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剪接变异体分子表型分类分布数据集2
2025年12月8日 30 76 53
数据集概述 该数据集围绕剪接变异体的分子表型分类分布展开，包含基于共识表型的直方图及支持表，覆盖至少2、3、5、10、15、20种组织类型的变异体，还提供生成直方图的聚合数据与软件工具。 文件详解 文件名称：Software to generate Dataset 2.zip；文件格式：ZIP；内容：用于从Dataset...
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人类跨膜蛋白预测与可视化数据集2022
2025年12月8日 30 11 7
数据集概述 该数据集包含四百九十六个人类跨膜蛋白的三维结构及膜嵌入预测结果，基于AlphaFold结构与蛋白语言模型生成，按α螺旋和β桶结构分类存储，提供多方法膜嵌入预测及可视化工具。 文件详解 核心压缩包: TMvis496.tar.gz:...
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MS2Rescore_Based_生物信息学质谱报告完整数据
2025年12月8日 30 207 154
数据集概述 本数据集为MS²Rescore工具生成的报告示例，包含一份HTML格式的报告文件，用于展示MS²Rescore分析结果的呈现形式，为理解该工具的输出内容提供参考。 文件详解 文件名称: ms2rescore.report.html 文件格式: HTML (.html) 内容说明:...
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PHRAPL系统地理学推断方法数据集
2025年12月7日 30 96 27
数据集概述 该数据集围绕PHRAPL方法展开，PHRAPL是一种基于近似似然法的系统地理学推断工具，可分析复杂种群历史，识别基因树对应的潜在模型并估算参数。数据集包含方法实现的代码、补充文档、说明网页和图表等资源。 文件详解 Jackson.etal_Data&Scripts.zip：压缩文件，可能包含方法运行所需的原始数据和脚本代码...
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系统发育似然库数据集
2025年12月7日 30 34 18
数据集概述 该数据集围绕系统发育似然库（PLL）展开，PLL是一个高度优化的应用程序编程接口，用于开发基于似然的系统发育推断和后分析软件，提供数据结构与函数支持相关计算任务。 文件详解 文件名称: suppl.pdf 文件格式: PDF (.pdf) 文件类型: 文档文件，占数据集文件总数的百分之百 适用场景 系统发育软件研发:...
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Scigenex_Based_基因表达分析与空间数据科学实践完整数据
2025年12月7日 30 44 4
数据集概述 该数据集是Scigenex R库提供的示例数据集子集，包含基因、空间等相关数据文件，用于展示库内函数和类的使用方法，同时提供生成示例数据的代码文件。 文件详解 数据文件（.rda格式）：共6个，包括pbmc3k_medium.rda、lymph_node_tiny_2.rda等，存储基因表达或细胞聚类相关数据...
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嗜热球菌科tRNA基因注释数据集
2025年12月6日 30 17 10
数据集概述 本数据集围绕嗜热球菌科古菌tRNA基因展开，通过手动注释20个完整基因组的tRNA基因集，验证GtRNAdb预测结果的准确性，区分经典与非经典tRNA基因，并提出优化tRNA基因预测的方法，为古菌tRNA基因集研究提供数据支持。 文件详解 该数据集包含9个文件，具体说明如下： - 工作流与输出文件： -...
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犬类通路GPML文件数据集2025
2025年12月5日 30 157 33
数据集概述 该数据集包含WikiPathways.org月度发布的犬类（Canis familiaris）通路相关GPML格式文件，以压缩包形式存储，为犬类生物通路研究提供标准化数据支持。 文件详解 压缩包文件（共3个，均为ZIP格式）： wikipathways-20250410-gpml-...
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结直肠癌样本长读长结构变异与重复序列分析输出数据集
2025年12月5日 30 12 0
数据集概述 本数据集包含结直肠癌样本（HRR698464、HRR698460、C586、C588）的长读长测序分析输出文件，围绕结构变异检测和重复序列表征展开，分为两个核心目录，支持相关研究的可重复性与透明性。 文件详解 HRR698464_MSI-H_Tumor.zip：压缩文件，包含MSI-...
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大鼠通路GPML文件集2025
2025年12月4日 30 105 11
数据集概述 该数据集包含WikiPathways.org平台2025年发布的大鼠（Rattus norvegicus）通路相关GPML文件，以月度数据压缩包形式呈现，为研究大鼠生物通路提供标准化的文件资源。 文件详解 压缩文件组：共四个ZIP格式压缩文件，文件命名格式为“wikipathways-YYYYMMDD-gpml-...
