数据集概述
本数据集包含使用OPLSAA兼容的Berger-DPPC-06力场进行的、含150mM NaCl的完全水合DPPC双层膜分子动力学模拟轨迹及相关文件，模拟条件为323K、72个脂质分子、2880个SPC水分子及8个Na和Cl离子，轨迹时长120ns，分析了最后60ns数据。
文件详解
- 模拟配置文件：
- topol.top：拓扑文件，.top格式
- lipidopls.itp、dppc.itp、ions.itp：力场参数文件，.itp格式
- ffgmx2.hdb：力场数据库文件，.hdb格式
- md.mdp：模拟参数文件，.mdp格式
- md.tpr：预处理器生成文件，.tpr格式
- 结构与轨迹文件：
- md.gro：分子结构文件，.gro格式
- md.xtc、protonated.xtc：模拟轨迹文件，.xtc格式
- 分析结果文件：
- na_density.xvg、cl_density.xvg、dppc_density.xvg、orderparameters.xvg：密度及有序参数数据文件，.xvg格式
- density.png：密度分析图片，.png格式
- md.edr：能量数据文件，.edr格式
适用场景
- 生物物理研究：分析DPPC双层膜在含NaCl溶液中的结构特性
- 分子动力学方法验证：基于OPLSAA-Berger力场的模拟结果验证
- 膜生物物理特性分析：研究离子对脂质膜密度、有序参数的影响
- 计算生物学教学：作为分子动力学模拟实践的案例数据
