数据集概述
该数据集包含复现Toro-Delgado等人关于欧洲Plebejus属(灰蝶科:眼灰蝶亚科)基因组分类研究结果所需的数据、元数据及部分结果文件,通过11个文件支持研究复现,核心围绕该属的分类学澄清展开。
文件详解
该数据集包含11个文件,具体说明如下:
- 文档文件:
- README.md: Markdown格式文档,说明数据集整体内容及各文件用途
- 压缩数据文件(.zip格式):
- STRUCTURE_input.zip: 用于群体结构分析的输入数据
- PCA_input.zip: 主成分分析的输入数据
- heterozygosity_input.zip: 杂合度分析的输入数据
- Adegenet_Fis_input.zip: 计算Fis系数的输入数据(含Pl. argus和Pl. idas等物种数据)
- Phylonetworks_input.zip: 系统发育网络分析的输入数据
- bpp_input.zip: 物种界定分析的输入数据
- Centrifuge_input.zip: 分类学分析工具Centrifuge的输入数据
- 系统发育树文件(.nwk格式):
- IQTREE_Plebejus_best_tree_REROOTED_RELABELLED.nwk: Plebejus属最优系统发育树(已重新生根、重命名)
- IQTREE_Wolbachia_best_tree.rerooted.nwk: Wolbachia共生菌最优系统发育树(已重新生根)
适用场景
- 昆虫分类学研究: 用于欧洲Plebejus属灰蝶的物种界定与分类澄清
- 基因组数据分析: 复现群体结构、系统发育树构建等基因组学分析流程
- 生物信息学方法验证: 测试STRUCTURE、IQTREE等工具在蝴蝶基因组数据中的应用效果
- 共生菌研究: 分析Plebejus属与Wolbachia共生菌的系统发育关系
- 进化生物学研究: 探究Plebejus属的遗传多样性与进化历史