数据集 - 海数据

UBTR012574化学系列扩展数据集II

2025年12月22日

数据集概述该数据集围绕UBTR012574化学系列的扩展展开，包含针对USP5锌指泛素结合域（ZnF-UBD）的分子对接模拟数据，用于优先化合物合成的研究。文件详解 UBTR012574.pdb：PDB格式文件，可能为UBTR012574的分子结构数据...

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肉毒杆菌神经毒素潜在解毒剂计算机辅助筛选数据集

2025年12月19日

数据集概述本数据集为基于计算机辅助筛选的肉毒杆菌神经毒素潜在解毒剂研究数据，包含三十五种源自NSC1012结构的配体与A、B、E、F型肉毒杆菌神经毒素催化域的分子对接结果，以及药物代谢动力学（ADME）性质分析数据，为开发肉毒中毒解毒剂提供候选化合物基础。文件详解该数据集包含多种格式的文件，具体说明如下： - 分子结构与对接结果文件： -...

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木瓜蛋白酶晶体与天然产物配体混合物浸泡的补充单晶X射线衍射结构数据集

2025年12月19日

数据集概述本数据集包含木瓜蛋白酶晶体与天然产物配体混合物（主要为环氧基半胱氨酸蛋白酶抑制剂E-64类似物）浸泡后的单晶X射线衍射结构，提供结构坐标、结构因子及初步验证报告，因配体密度不足未存入PDB，现作为补充数据公开。文件详解文件名称：papain_cocktails_XRD_no-dep_FigS12.zip 文件格式：ZIP压缩包...

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鱼藤酮与呼吸复合体I结合机制分子动力学模拟数据集

2025年12月19日

数据集概述本数据集包含鱼藤酮与呼吸复合体I结合机制研究的分子动力学模拟快照及力场拓扑文件。核心内容为模拟得到的三种结合模式（ROT1、pre-redox、ROT2）的蛋白质-配体结构，以及GROMACS格式的鱼藤酮及其衍生物的力场参数文件，为相关分子机制研究提供数据支持。文件详解分子模拟快照文件（位于configurations/目录下）:...

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数据47G4_Hu19_scFv与VL_VL二聚体的Alphafold2模型数据集

2025年12月14日

数据集概述本数据集包含47G4（Hu19）单链抗体片段（scFv）二聚体及VL-VL二聚体的Alphafold2预测模型，展示了scFv二聚体的VH-VL结构互换特征，为抗体结构分析提供数据支持。文件详解 47G4（Hu19）scFv二聚体模型文件：...

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数据16LiF16HF_Based_量子化学分子数据完整分析数据集

2025年12月5日

数据集概述该数据集包含与16LiF16HF相关的9个文件，涵盖图像、分子结构、脚本、日志等多种类型，无目录结构，文件类型分布均衡，未提供内容预览。文件详解...

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人参皂苷F1生产相关多功能糖苷酶分子模拟数据集

2025年12月16日

数据集概述该数据集包含人参皂苷F1生产相关的分子对接及动力学模拟数据，针对野生型β-葡萄糖苷酶BgDU及其DUase突变体与底物NG-R1、G-Rg1的结合动态及构象变化，开展了四组独立模拟研究，为糖苷酶结构工程改造提供数据支持。文件详解数据集包含四个核心文件夹，具体说明如下： - Docking Structure文件夹： -...

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KRAS高变区分子动力学研究数据与模拟文件

2025年12月14日

数据集概述该数据集包含KRAS高变区（HVR）分子动力学（MD）研究的关键模拟输入文件、处理后的轨迹及分析脚本，围绕KRAS膜结合调控及下游效应子相互作用展开，支持研究的可重复性与透明度。文件详解文件名称：kras_md_zenodo.zip 文件格式：ZIP压缩包...

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真菌NUDIX酶多样性分析数据集

2025年12月14日

数据集概述本数据集涵盖真菌NUDIX酶多样性分析的原始数据，包含补充文件（如真菌组装列表、蛋白ID、基序保守性等）和多个文件夹（分子对接结果、结构文件、序列比对、系统发育树），为研究真菌NUDIX酶的多样性与功能提供支持。文件详解补充文件: Supplementary_File_S1.xlsx:...

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DMPC和DMTAP脂质及其混合物的构型与参数数据集

2025年12月13日

数据集概述本数据集包含在五十摄氏度下，阳离子型（电荷：正一）DMTAP脂质、DMPC脂质、水及中和离子（必要时）组成的不同系统的构型与参数，覆盖纯DMPC及六种DMTAP比例的混合体系。文件详解脂质构型文件（PDB格式）：共十一个，对应不同DMTAP比例的脂质系统，包含脂质、水和中和离子的原子坐标...

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ALK2_ACVR1与M4K2117共结晶结构数据集_PDB_6SRH

2025年12月12日

数据集概述该数据集包含ALK2（ACVR1）与化合物M4K2117共结晶的结构数据，已在PDB数据库以代码6SRH存档。数据涵盖结晶结构相关的多种文件类型，为研究该蛋白与化合物的相互作用提供支持。文件详解结构与序列文件： M4K2117_refine_12.cif：CIF格式，可能包含经精修的晶体结构信息...

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基孔肯雅病毒nsP2蛋白酶植物化合物拮抗剂分子建模数据集

2025年12月12日

数据集概述本数据集为基孔肯雅病毒nsP2蛋白酶的植物化合物拮抗剂研究提供分子建模数据支持，包含野生型及两种突变体（C478A、H548A）与芹菜素、异鼠李素的对接、分子动力学模拟文件及配体结构、蛋白质结构等相关数据。文件详解突变体与配体模拟文件：...

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Top1_Model_Building_Based_蛋白质模型构建完整数据

2025年12月11日

数据集概述本数据集包含Top1模型构建相关的文件，主要由蛋白质结构文件（PDB格式）、模型质量统计文件（XLSX格式）和压缩存档文件组成，为模型结构研究提供基础数据支持。文件详解...

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AlphaFold在变质蛋白质上的应用数据集

2025年12月9日

数据集概述本数据集包含用于AlphaFold在变质蛋白质研究的五组蛋白质结构相关文件，涵盖蛋白质结构模型文件、可视化图片及压缩包，为研究变质蛋白质的结构预测与分析提供数据支持。文件详解压缩包文件: Application-of-AF-on-metamorphic-proteins.zip: ZIP格式压缩包，可能包含数据集的完整文件集合...

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LANA_ET_AFSample模型_排序置信度与NMR引导评分数据集

2025年12月9日

数据集概述本数据集包含LANA_ET目标的AFSample建模结果、排序置信度数据及NMR引导评分数据，提供模型文件、分析用数据文件和精选高评分模型，支持相关生物信息学分析。文件详解 LANA_ET_processed.zip：压缩文件，包含针对该目标的AFSample 1和2建模生成的PDB格式模型文件...

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受限支持的金亲合作用数据集

2025年12月9日

数据集概述本数据集包含超分子笼（1892128、H、B1-B4、B10）和金配合物（G、G2、1-4）的处理后结构数据文件，以及通过pyKVFinder计算的空腔体积和尺寸参数，为研究受限环境下的金亲合作用提供结构与计算数据支持。文件详解文件名称: Aurophilic-Dataset.zip 文件格式: ZIP压缩包包含内容:...

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牙龈卟啉单胞菌T9SS组分复合物的AlphaFold2预测结构数据集

2025年12月8日

数据集概述本数据集包含通过AlphaFold2预测的牙龈卟啉单胞菌IX型分泌系统（T9SS）核心膜复合物相关结构数据，涉及PorK-PorN二聚体、PorK-PorN环、PorM二聚体与PorL五聚体复合物、PorK与PorM结构域2-4二聚体复合物等多种复合物的预测结构，为研究T9SS核心膜复合物的组成与功能提供结构基础。文件详解...

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SARS_CoV_2刺突蛋白与宿主受体复合物补充结构模型

2025年12月7日

数据集概述该数据集包含SARS-CoV-2刺突蛋白受体结合域（RBD）与215种动物ACE2受体结合的结构模型（PDB格式），以及人类TMPRSS2的结构模型。模型通过FunMod流程构建，为研究病毒跨物种感染机制提供结构数据支持。文件详解文件名称: ACE2_TMPRSS2_structural_models.zip 文件格式:...