数据集概述
本数据集为基孔肯雅病毒nsP2蛋白酶的植物化合物拮抗剂研究提供分子建模数据支持，包含野生型及两种突变体（C478A、H548A）与芹菜素、异鼠李素的对接、分子动力学模拟文件及配体结构、蛋白质结构等相关数据。
文件详解
- 突变体与配体模拟文件：
- C478A_APG_In_log_script.zip：C478A突变体与芹菜素的对接日志、输入脚本及分子动力学分析脚本
- C478A_ISO_In_log_script.zip：C478A突变体与异鼠李素的对接日志、输入脚本及分子动力学分析脚本
- H548A_APG_in_log_script.zip：H548A突变体与芹菜素的对接日志、输入脚本及分子动力学分析脚本
- H548A_ISO_in_log_script.zip：H548A突变体与异鼠李素的对接日志、输入脚本及分子动力学分析脚本
- 野生型模拟文件：
- WT_APG_in_log.zip：野生型nsP2蛋白酶与芹菜素的对接输入及日志文件
- WT_ISO_IN_LOG.zip：野生型nsP2蛋白酶与异鼠李素的对接输入及日志文件
- 配体结构文件：
- ligands_mol2_files.zip：MOL2格式的配体三维分子结构文件
- Ligands_pdb_files.zip：PDB格式的配体结构文件
- Ligands_sdf.zip：PubChem数据库获取的SDF格式配体文件
- 蛋白质结构文件：
- Protein_wt_Mutants.zip：PDB格式的野生型nsP2蛋白酶及C478A、H548A突变体结构文件
- 分子动力学基础文件：
- Prmtop_Inpcrd_all_complexes.zip：所有蛋白质-配体复合物的拓扑（.prmtop）及坐标（.inpcrd）文件
- 分析脚本文件：
- Python_script.zip：主成分分析（PCA）及动力学交叉相关矩阵（DCCM）分析的Python脚本
数据来源
Berhampur University
适用场景
- 抗病毒药物研发：筛选针对基孔肯雅病毒nsP2蛋白酶的植物化合物拮抗剂
- 分子建模研究：验证植物化合物与病毒蛋白酶的结合模式及稳定性
- 蛋白质突变分析：探究C478A、H548A突变对蛋白酶-配体相互作用的影响
- 计算生物学研究：应用分子对接、分子动力学模拟等技术开展抗病毒机制研究
