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标签: 计算结构生物学

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  • 蛋白质红外光谱预测机器学习协议代码

    2025年12月19日 30 105 66

    数据集概述 该数据集包含用于预测蛋白质红外光谱的机器学习协议相关的模拟数据和代码，支持研究人员通过在线服务使用该协议，代码采用Python和Bash语言编写，涵盖从蛋白质结构处理到红外光谱计算的全流程。 文件详解 该数据集包含一个压缩文件，具体说明如下： - 文件名称: Code.zip - 文件格式: ZIP (.zip) -...
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  • SARS_CoV_2变体RBD与不同抗体类别结合能力探索的分子动力学输入数据集

    2025年12月18日 30 33 7

    数据集概述 本数据集为分子动力学（MD）模拟输入数据，用于支持探索SARS-CoV-2变体受体结合域（RBD）与不同抗体类别结合能力的计算研究，通过GROMACS软件开展模拟分析。 文件详解 文件名称：MD_input_data.zip 文件格式：ZIP压缩包 内容说明：包含分子动力学模拟所需的输入数据，具体文件结构需解压后查看 适用场景...
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  • AlphaFold2局限性克服的蛋白质序列深度突变扫描与稳定性选择数据集

    2025年12月18日 30 147 9

    数据集概述 本数据集围绕克服AlphaFold2对天然同源序列依赖的局限性展开，包含通过深度突变扫描和稳定性选择生成的人工同源蛋白质序列数据，用于提升稀疏序列家族蛋白质的结构预测准确性。 文件详解 该数据集包含5个压缩文件，具体说明如下： - Sibs-Seq.zip：ZIP格式压缩文件，内容未提供详细预览 -...
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  • DSR代谢相关蛋白质复合物AlphaFold_3预测结构数据集

    2025年12月15日 30 157 18

    数据集概述 本数据集包含通过AlphaFold 3服务器预测的DsrMKJOP、DsrMK和NarGHI三种蛋白质复合物的结构模型，每种预测生成5个结构，附带有对应置信度指标，用于支撑DSR代谢中三硫化物还原与能量守恒的结构基础研究。 文件详解 压缩文件包（共10个，均为.zip格式）：...
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  • KRAS高变区分子动力学研究数据与模拟文件

    2025年12月14日 30 167 14

    数据集概述 该数据集包含KRAS高变区（HVR）分子动力学（MD）研究的关键模拟输入文件、处理后的轨迹及分析脚本，围绕KRAS膜结合调控及下游效应子相互作用展开，支持研究的可重复性与透明度。 文件详解 文件名称：kras_md_zenodo.zip 文件格式：ZIP压缩包...
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  • 登革病毒NS1_衣壳锚定蛋白及2k肽与人类胰岛淀粉样多肽_Aβ42及α_突触核蛋白肽的计算交叉聚集研究数据集

    2025年12月13日 30 45 4

    数据集概述 该数据集包含与登革病毒NS1、衣壳锚定蛋白及2k肽，与人类胰岛淀粉样多肽、Aβ42及α-突触核蛋白肽的计算交叉聚集研究相关的输入文件、拓扑文件和参数文件，为相关研究提供数据支持。 文件详解 文件名称: zenodo.zip 文件格式: ZIP (.zip) 文件内容:...
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  • pHLA_I分子中肽构象灵活性建模数据集

    2025年12月11日 30 16 10

    数据集概述 本数据集为研究pHLA-I分子中肽构象灵活性的机器学习建模提供支持，包含用于同源建模和集合生成的PDB结构及序列数据，以压缩包形式存储。 文件详解 该数据集包含一个压缩文件，具体说明如下： - 文件名称: database.zip - 文件格式: ZIP (.zip) - 文件内容:...
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  • 变构杠杆原理的弹性网络结构数据集

    2025年12月11日 30 101 46

    数据集概述 该数据集包含文章《Allosteric Lever: Toward a Principle of Specific Allosteric Response》所用的蛋白质及人工网络（“假蛋白”）的所有弹性网络结构数据，支持弹性网络模型参数化，可结合配套Python代码使用。 文件详解...
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  • 核孔复合体Nup84亚复合体建模脚本数据集

    2025年12月10日 30 62 38

    数据集概述 该数据集包含用于核孔复合体Nup84亚复合体建模的脚本文件，展示如何结合IMP、MODELLER、PMI工具，利用286个DSS/EDC化学交联数据和电子显微镜2D类平均图像进行结构建模，提供了从组件初始结构生成到整体复合体建模的流程支持。 文件详解 分子动力学轨迹文件（.dcd格式）：...
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  • hRSK2蛋白相互作用伙伴单体AlphaFold2模型_用于小线性基序预测

    2025年12月9日 30 61 8

    数据集概述 该数据集包含220个hRSK2相互作用伙伴蛋白的单体AlphaFold2 Multimer v3预测模型，每个伙伴蛋白单独建模，未包含RSK2。模型按伙伴蛋白分类存放，为小线性基序（SLiM）预测提供基础数据。 文件详解 文件名称: ZENODO_hRSK2_SLiM_predictions_monomer.zip 文件格式: ZIP压缩包...
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  • 非天然纠缠蛋白错误折叠全原子模拟与实验结构集合数据集

    2025年12月7日 30 68 57

    数据集概述 该数据集包含用于复现论文“Non-native entanglement protein misfolding observed in all-atom simulations and supported by experimental structural...
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  • TernaryDB三元复合物数据集

    2025年12月7日 30 129 25

    数据集概述 该数据集是从蛋白质数据银行（PDB）中筛选出的22,303个三元复合物综合数据集，用于支持基于深度学习的靶向蛋白降解（TPD）复合物结构预测研究。 文件详解 文件名称: TernaryDB.zip 文件格式: ZIP压缩包 内容说明:...
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