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标签: CHARMM36力场

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  • OR5K1_Based_G蛋白偶联受体正构结合位点分子动力学模拟数据

    2026年2月6日 0 169 152

    数据集概述 本数据集包含G蛋白偶联气味受体OR5K1的分子动力学（MD）模拟拓扑、参数及坐标文件。数据基于AlphaFold 2（AF2）和同源建模（HM）构建的OR5K1三维模型，使用ACEMD3（v3.5.1）引擎及CHARMM36力场，涵盖两种模型各三个100 ns重复模拟轨迹，已移除原始轨迹中的水分子、离子及膜原子（POPC）。 文件详解...
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  • mRNA_Lipid_Nanoparticle_Based_相变模拟数据_2022

    2026年1月15日 30 126 113

    数据集概述 本数据集是论文“mRNA lipid nanoparticle phase transition”的模拟输入文件与数据，包含周期性膜片、脂质纳米颗粒的平衡结构及拓扑参数文件，覆盖不同pH条件、脂质类型、mRNA修饰状态下的5类系统（A-G）模拟数据，用于研究mRNA脂质纳米颗粒的相变机制，总计包含1个压缩文件。 文件详解 压缩文件...
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  • UA_PMFs_silver_zero_valent_Based_零价银纳米颗粒生物纳米相互作用联合原子参数数据

    2025年12月27日 30 30 7

    数据集概述 本数据集提供用于零价银纳米颗粒生物纳米相互作用多尺度建模的联合原子参数，包含碳水化合物、脂质片段和氨基酸侧链的短程表面吸附势表格式数据。数据通过AWT-MetaD（Gromacs/Plumed）计算，基于INTERFACE/CHARMM36力场，为相关分子模拟研究提供参数支持。 文件详解...
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  • 二价阳离子与磷脂酰肌醇结合诱导双层膜纳米簇起始的离子特异性数据集

    2025年12月19日 30 152 49

    数据集概述 本数据集包含基于全原子分子动力学模拟的研究数据，核心探究二价阳离子（如钙、镁）与磷脂酰肌醇（如PI(4,5)P2、PI(3,5)P2）的相互作用机制，以及其对双层膜纳米簇起始的离子和异构体特异性影响，为膜信号复合物形成的分子机制研究提供数据支持。 文件详解 该数据集包含16个文件，涵盖模拟输入、结构、输出及说明文档，具体如下： -...
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