数据集概述
本数据集包含G蛋白偶联气味受体OR5K1的分子动力学（MD）模拟拓扑、参数及坐标文件。数据基于AlphaFold 2（AF2）和同源建模（HM）构建的OR5K1三维模型，使用ACEMD3（v3.5.1）引擎及CHARMM36力场，涵盖两种模型各三个100 ns重复模拟轨迹，已移除原始轨迹中的水分子、离子及膜原子（POPC）。
文件详解
- OR5K1_system_MD.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含OR5K1分子动力学模拟系统相关的拓扑、参数及坐标文件，涵盖AlphaFold 2和同源建模两种模型的模拟数据。
- input_file_MD.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含分子动力学模拟的输入文件，支持ACEMD3（v3.5.1）引擎运行CHARMM36力场下的模拟任务。
适用场景
- G蛋白偶联受体结构功能研究: 分析OR5K1正构结合位点的动态构象变化及分子相互作用机制。
- 分子模拟方法验证: 对比AlphaFold 2与同源建模两种三维模型在分子动力学模拟中的稳定性差异。
- 药物靶点结合位点预测: 基于模拟轨迹探索OR5K1受体潜在的配体结合模式与关键残基。
- 计算生物学模拟参数优化: 评估CHARMM36力场在G蛋白偶联受体膜蛋白模拟中的适用性。
