数据集概述
本数据集为《π-扩展二氮杂[8]环烯的表面合成》一文配套的探针粒子模拟(PP-AFM/STM)复现数据,包含DFT计算输入输出文件、PP模拟参数配置、结果可视化文件及分析脚本,覆盖从分子结构优化到成像模拟的全流程关键数据。
文件详解
该数据集包含26个文件,按功能分类说明如下:
- DFT计算文件:
- POSCAR: 无格式,VASP优化的DBCOT/Au(111)结构(含5层Au)
- INCAR: 无格式,VASP计算输入参数(物理与输出设置)
- geometry.in: 无格式,FHI-AIMS输入结构(含3层Au,用于本征矢及PDOS计算)
- control-eigenvectors.in: 无格式,FHI-AIMS本征矢计算输入(需重命名为control.in)
- control-pdos.in: 无格式,FHI-AIMS投影态密度(PDOS)计算输入(需重命名为control.in)
- output_mpi.txt: TXT格式,FHI-AIMS本征矢计算输出
- output_scalapack.txt: TXT格式,FHI-AIMS PDOS计算输出
- LOCPOT.xsf.tar.gz: GZ压缩包,VASP静电势文件(经v2xsf转换为XSF格式)
- PP模拟参数文件:
- params-straight.ini: 无格式,直探针PP-AFM模拟参数(需重命名为params.ini,存在单极/四极参数错误)
- params-tilt.ini: 无格式,倾斜探针PP-AFM模拟参数(需重命名为params.ini,存在单极/四极参数错误)
- PP-STM脚本文件:
- PPSTM_simple_e0.3.py: PY格式,直探针s轨道CO针尖STM模拟脚本
- PPSTM_simple_e0.3_pxy.py: PY格式,直探针pxy轨道CO针尖STM模拟脚本
- SUM_no_atoms.py: PY格式,直探针轨道成像合成脚本
- PPSTM_simple_e0.3_pz_tilt.py: PY格式,倾斜探针pz轨道CO针尖STM模拟脚本
- PPSTM_simple_e0.3_pxy_tilt.py: PY格式,倾斜探针pxy轨道CO针尖STM模拟脚本
- SUM_no_atoms_tilt.py: PY格式,倾斜探针轨道成像合成脚本
- PPSTM_simple_f_e0.3.py: PY格式,固定CO针尖dI/dV成像模拟脚本
- PPSTM_xsf.py: PY格式,实空间电子密度XSF文件生成脚本(用于特定能量窗口重构)
- 可视化与分析文件:
- straight_tip_height_002.jpg: JPG格式,直探针高度002成像结果
- distance_measurements.png: PNG格式,Gwyddion测量距离截图
- fixed_tip_dIdV_simulations.png: PNG格式,固定针尖dI/dV模拟结果
- DOS_plot_and_view.nb: NB格式,态密度绘制的Wolfram Mathematica笔记本
- DOS_plot_and_view.pdf: PDF格式,Mathematica笔记本关键内容输出
- measurement_gwyddion.gwy: GWY格式,Gwyddion保存的距离测量文件
适用场景
- 表面化学研究: 复现π-扩展二氮杂[8]环烯的表面合成相关探针粒子模拟
- 计算材料科学: 验证DFT与PP-AFM/STM联合模拟的分子结构成像方法
- 扫描探针显微术模拟: 研究不同针尖构型(直/倾斜、s/pxy/pz轨道)对成像结果的影响
- 电子结构分析: 通过态密度(DOS)与dI/dV模拟探究分子轨道特征
- 数据复现与方法改进: 基于数据集修正PP模拟参数错误(单极→四极),优化模拟流程