π_扩展二氮杂_8_环烯表面合成探针粒子模拟数据集

数据集概述

本数据集为《π-扩展二氮杂[8]环烯的表面合成》一文配套的探针粒子模拟(PP-AFM/STM)复现数据,包含DFT计算输入输出文件、PP模拟参数配置、结果可视化文件及分析脚本,覆盖从分子结构优化到成像模拟的全流程关键数据。

文件详解

该数据集包含26个文件,按功能分类说明如下: - DFT计算文件: - POSCAR: 无格式,VASP优化的DBCOT/Au(111)结构(含5层Au) - INCAR: 无格式,VASP计算输入参数(物理与输出设置) - geometry.in: 无格式,FHI-AIMS输入结构(含3层Au,用于本征矢及PDOS计算) - control-eigenvectors.in: 无格式,FHI-AIMS本征矢计算输入(需重命名为control.in) - control-pdos.in: 无格式,FHI-AIMS投影态密度(PDOS)计算输入(需重命名为control.in) - output_mpi.txt: TXT格式,FHI-AIMS本征矢计算输出 - output_scalapack.txt: TXT格式,FHI-AIMS PDOS计算输出 - LOCPOT.xsf.tar.gz: GZ压缩包,VASP静电势文件(经v2xsf转换为XSF格式) - PP模拟参数文件: - params-straight.ini: 无格式,直探针PP-AFM模拟参数(需重命名为params.ini,存在单极/四极参数错误) - params-tilt.ini: 无格式,倾斜探针PP-AFM模拟参数(需重命名为params.ini,存在单极/四极参数错误) - PP-STM脚本文件: - PPSTM_simple_e0.3.py: PY格式,直探针s轨道CO针尖STM模拟脚本 - PPSTM_simple_e0.3_pxy.py: PY格式,直探针pxy轨道CO针尖STM模拟脚本 - SUM_no_atoms.py: PY格式,直探针轨道成像合成脚本 - PPSTM_simple_e0.3_pz_tilt.py: PY格式,倾斜探针pz轨道CO针尖STM模拟脚本 - PPSTM_simple_e0.3_pxy_tilt.py: PY格式,倾斜探针pxy轨道CO针尖STM模拟脚本 - SUM_no_atoms_tilt.py: PY格式,倾斜探针轨道成像合成脚本 - PPSTM_simple_f_e0.3.py: PY格式,固定CO针尖dI/dV成像模拟脚本 - PPSTM_xsf.py: PY格式,实空间电子密度XSF文件生成脚本(用于特定能量窗口重构) - 可视化与分析文件: - straight_tip_height_002.jpg: JPG格式,直探针高度002成像结果 - distance_measurements.png: PNG格式,Gwyddion测量距离截图 - fixed_tip_dIdV_simulations.png: PNG格式,固定针尖dI/dV模拟结果 - DOS_plot_and_view.nb: NB格式,态密度绘制的Wolfram Mathematica笔记本 - DOS_plot_and_view.pdf: PDF格式,Mathematica笔记本关键内容输出 - measurement_gwyddion.gwy: GWY格式,Gwyddion保存的距离测量文件

适用场景

  • 表面化学研究: 复现π-扩展二氮杂[8]环烯的表面合成相关探针粒子模拟
  • 计算材料科学: 验证DFT与PP-AFM/STM联合模拟的分子结构成像方法
  • 扫描探针显微术模拟: 研究不同针尖构型(直/倾斜、s/pxy/pz轨道)对成像结果的影响
  • 电子结构分析: 通过态密度(DOS)与dI/dV模拟探究分子轨道特征
  • 数据复现与方法改进: 基于数据集修正PP模拟参数错误(单极→四极),优化模拟流程
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数据与资源

附加信息

字段
作者 Maxj
版本 1
数据集大小 246.03 MiB
最后更新 2025年12月14日
创建于 2025年12月14日
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