数据集概述
本数据集包含对常绿阔叶树Castanopsis sieboldii末次冰盛期(LGM)避难所的近似贝叶斯计算(ABC)分析数据,涉及27个EST相关微卫星位点的种群遗传信息、模型模拟脚本及说明文档,支持解析该物种冰期避难所分布及冰后期种群动态,为暖温带森林优势物种的系统地理学研究提供基础数据。
文件详解
- README文档
- 文件名称:README_for_abc_fsc2_180421.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:包含ABC分析的流程说明(如观测统计量计算、模型模拟步骤)、环境配置要求及脚本作者信息,指导用户复现分析过程。
- 种群遗传数据文件
- 文件名称:33Cs27loci_repeat2_and_pop.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:记录33个Castanopsis sieboldii样本的27个微卫星位点基因型数据及种群分组信息,为ABC分析提供原始遗传数据。
- 分析脚本压缩包
- 文件名称:abc_fsc2_180421.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含R和Shell分析脚本,对应4个种群动态模型(model1E至model4C)的模拟代码,用于复现ABC模型比较及参数估计过程。
数据来源
论文“Approximate Bayesian computation analysis of EST-associated microsatellites indicates that the broadleaved evergreen tree Castanopsis sieboldii survived the Last Glacial Maximum in multiple refugia in Japan”
适用场景
- 植物种群避难所研究:分析Castanopsis sieboldii在末次冰盛期的避难所数量与分布,验证多避难所假说。
- 种群遗传学模型验证:利用ABC方法比较不同冰期种群动态模型的拟合度,优化物种演化历史重建。
- 微卫星标记应用:探索EST相关微卫星位点在种群遗传分析中的有效性,为类似物种研究提供标记选择参考。
- 系统地理学方法示范:作为ABC技术在植物系统地理学研究中的应用案例,指导相关领域的数据分析流程。
- 暖温带森林演化研究:结合避难所数据推断冰后期森林群落的扩张路径,解析暖温带植被的形成机制。