数据集概述
本数据集包含论文“Unravelling the collateral damage of antibiotics on gut bacteria”所需的全部实验数据，支持复现论文中的分析结果。数据涉及抗生素对肠道细菌影响的实验结果、化合物信息、MIC值等，涵盖原始实验数据和处理后数据，共四十七个文件，覆盖多种格式。
文件详解
- CSV文件（24个）
- 文件名称：遵循
P[编号]_[分组]_[序号].csv模式（例如：P4_M_5.csv、P4_K_2.csv）
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含Time_h（时间，小时）、Well（孔位）、OD（光密度）、Drug_h（水平药物）、Conc_h（水平药物浓度）、Drug_v（垂直药物）、Conc_v（垂直药物浓度）、Comb_id（组合ID）、Full.name（完整名称）等实验参数字段。
- TSV文件（18个）
- 文件名称：包括combined_pv.tsv、median_eucast.tsv、combined_hits.tsv、Raw_data_animal_experiments.tsv等
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：median_eucast.tsv包含Drug（药物）、Species（物种）、Conc_ug_ml（浓度，微克/毫升）、chemical_name（化学名称）、prestwick_ID（化合物ID）、molecular_weight（分子量）等字段；combined_pv.tsv等为整合后的实验数据。
- TXT文件（2个）
- 文件名称：compounds.txt、plates.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：compounds.txt包含Drug_Name（药物名称）、ATC（ATC编码）字段；plates.txt为实验平板相关信息。
- 压缩文件（1个）
- 文件名称：antidotes_16S_counts.tsv.gz
- 文件格式：GZ
- 字段映射介绍：压缩的16S rRNA测序计数数据。
- Excel文件（1个）
- 文件名称：MICs.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含最低抑菌浓度（MIC）相关数据。
- 映射文件（1个）
- 文件名称：prok-refdb-v11.0.0_specI-v2_clusters-v1.map
- 文件格式：MAP
- 字段映射介绍：原核生物参考数据库聚类映射信息。
数据来源
论文“Unravelling the collateral damage of antibiotics on gut bacteria”（DOI: 10.1038/s41586-021-03986-2）、EMBL GitLab仓库（https://git.embl.de/maier/abxbug/）
适用场景
- 抗生素对肠道菌群影响机制研究: 分析不同抗生素对肠道细菌的抑制效果及 collateral damage。
- 抗生素药物筛选: 利用MIC值数据和实验结果，筛选对肠道菌群影响较小的抗生素。
- 肠道微生态研究: 结合16S测序数据，探究抗生素干预后肠道菌群结构变化。
- 药物组合效应分析: 通过组合药物实验数据，研究抗生素联合使用的协同或拮抗作用。
- 生物信息学方法验证: 复现论文中的数据分析流程，验证生物信息学方法的有效性。
