数据集概述
本数据集为Acanthomorph硬骨鱼系统发育研究的相关数据，包含通过锚定杂交富集技术获取的107个核基因座序列，涉及29种鱼类（含25种Ovalentaria分支物种）。数据用于探究Ovalentaria分支基部节点的系统发育关系，测试数据量对分辨率的影响及模型误设的潜在作用。
文件详解
- 数据压缩包
- 文件名称：Ovalentaria_Alignments.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含Ovalentaria分支物种的DNA序列比对数据，用于系统发育分析的基础序列文件
- 代码压缩包
- 文件名称：Eytan-etal2015_AssemblyCode.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含实验中用于序列组装的代码文件，支持数据处理与分析的可复现性
- 脚本文件
- 文件名称：random_sample_raxml.py
- 文件格式：PY
- 字段映射介绍：用于随机抽样分析的Python脚本，可能与通过稀疏曲线测试数据量对系统发育分辨率影响的分析相关
数据来源
论文“Are 100 enough? Inferring acanthomorph teleost phylogeny using Anchored Hybrid Enrichment”
适用场景
- 硬骨鱼系统发育关系研究: 分析Acanthomorph硬骨鱼尤其是Ovalentaria分支的系统发育节点，验证关键类群的亲缘关系
- 基因组学数据量影响评估: 通过稀疏曲线测试不同基因座数量对系统发育分辨率的作用
- 系统发育模型优化: 对比不同分析方法（如最大似然法、物种树方法、贝叶斯混合模型）对系统发育结果的影响，探究模型误设的潜在问题
- 生物信息学方法应用: 参考锚定杂交富集技术在鱼类系统发育研究中的数据处理与分析流程
