数据集概述
本数据集围绕造礁石珊瑚Acropora millepora幼虫的荧光形态展开，包含三种荧光形态幼虫在不同光处理下的基因表达数据，以及相关功能分析结果，旨在探究红色荧光与幼虫扩散潜力、滞育状态的关联，为珊瑚幼虫扩散的分子机制研究提供支撑。
文件详解
- 基因表达与功能分析类文件
- 文件名称：KOGtableDeltaRanks.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含KOG功能分类（如Energy production and conversion等）及对应分类在不同样本组（tolerance、adults.lt、larvae.lt、red等）中的DeltaRanks值
- 文件名称：VSDandPVALS_All.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：可能包含基因表达的方差稳定化数据（VSD）及差异表达分析的P值
- 文件名称：allcounts_Jan102015.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含不同荧光形态（g1d、g1g、g1r等）幼虫样本的基因计数数据
- 亲本与比例分析类文件
- 文件名称：props_stacked.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含color（荧光颜色）、parent（亲本）、prop（比例）、prop_parent（亲本比例）等字段，记录不同荧光形态幼虫的比例信息
- 文件名称：ParentsRJune2015.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：可能包含亲本相关的基因表达或特征数据
- 代码与归档文件
- 文件名称：Parentage.R
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：用于亲本分析的R代码脚本
- 文件名称：DESeq2_ColorMorphGE.R
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：使用DESeq2进行荧光形态基因表达分析的R代码脚本
- 文件名称：GO_KOGinputfiles.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含GO和KOG功能分析的输入文件压缩包
- 文件名称：KOGtablePvals.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含KOG功能分类及对应P值数据
数据来源
论文“Red fluorescence in coral larvae is associated with a diapause-like state”
适用场景
- 珊瑚幼虫扩散潜力研究: 分析红色荧光与幼虫滞育状态、扩散能力的关联，探究珊瑚种群扩散的分子机制
- 海洋生态适应性分析: 研究珊瑚幼虫对环境变化的响应，为珊瑚礁生态系统的保护与恢复提供理论依据
- 基因功能注释与富集分析: 利用KOG、GO等功能分类数据，解析珊瑚幼虫荧光相关基因的生物学功能
- 分子生态学研究: 对比不同荧光形态幼虫的基因表达差异，揭示珊瑚幼虫表型与基因型的关联机制
- 气候变化影响评估: 结合热耐受相关基因表达数据，评估珊瑚幼虫对全球变暖的适应潜力
