数据集概述
本数据集围绕造礁石珊瑚荧光蛋白家族基因的种内表达变异展开，探究多拷贝基因如何扩展珊瑚对光环境的适应潜力。以鹿角杯形珊瑚（Acropora millepora）的红色荧光蛋白amilFP597为模型，分析其基因拷贝数、启动子变异与色素表达的关联，及其在光胁迫下的光保护功能，揭示珊瑚应对可变光环境的基因组机制。
文件详解
- 基因序列文件
- 文件名称：Sequences RFP full length genes.doc、amilFP597 exon 3 sequences.doc
- 文件格式：DOC
- 字段映射介绍：包含红色荧光蛋白（RFP）全长基因序列、amilFP597基因第3外显子序列等核心基因序列信息
- 启动子相关文件
- 文件名称：amilFP597 indel (+) and indel (-) promoter variants.doc、amilFP597 promoter.xls
- 文件格式：DOC、XLS
- 字段映射介绍：记录amilFP597基因启动子的插入/缺失变异类型、启动子序列及结构信息
- 蛋白光谱特性文件
- 文件名称：Spectroscopic characteristics of GFP-like proteins.xlsx、Abs spectra of A millepora.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：涵盖GFP类蛋白的光谱特征数据、鹿角杯形珊瑚的吸收光谱数据
- 基因拷贝数文件
- 文件名称：amilFP597 copies.xls
- 文件格式：XLS
- 字段映射介绍：记录amilFP597基因在不同样本中的拷贝数信息
数据来源
论文“Fluorescent protein-mediated colour polymorphism in reef corals: multi-copy genes extend the adaptation/acclimatization potential to variable light environments”
适用场景
- 珊瑚分子生物学研究：分析荧光蛋白基因拷贝数变异与珊瑚光环境适应的分子机制
- 海洋生态学研究：探究珊瑚应对光胁迫的适应性策略及其在气候变化中的生存潜力
- 基因表达调控研究：解析多拷贝基因启动子变异对基因表达水平的影响
- 蛋白质功能研究：通过光谱数据验证荧光蛋白的光保护功能及生理作用
- 珊瑚礁保护研究：为评估珊瑚礁对环境变化的适应能力提供基因组层面的科学依据
