数据集概述
本数据集为ALCOdbCyano平台提供的蓝藻基因共表达数据,包含三种蓝藻菌株(PCC6803、PCC7120、PCC7942)的共表达数据压缩包,可用于研究蓝藻基因间的共表达关系及功能关联。
文件详解
- 压缩包文件
- 文件名称:PCC6803.v15-11.G3660-S18.quantile.mrgeo.d.zip、PCC7120.v16-10.G5330-S116.d.zip、PCC7942.v15-11.G2714-S34.quantile.mrgeo.d.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:每个压缩包包含多个以查询基因ID命名的文件,文件内为共表达基因列表,字段以制表符分隔,按第二列排序。列1为共表达基因ID,列2为互排名(MR,值越小共表达越强),列3为皮尔逊相关系数(PCC,值越大共表达越强)
数据来源
ALCOdbCyano平台(http://alcodb.jp/cyano/download)
适用场景
- 蓝藻基因功能研究:通过共表达关系预测未知基因的功能及参与的生物学过程
- 基因调控网络构建:基于共表达数据解析蓝藻基因间的调控关联及网络结构
- 蓝藻分子机制分析:探究蓝藻不同菌株基因共表达模式的差异及分子机制
- 生物信息学算法验证:用于测试或优化基因共表达分析相关的生物信息学算法