数据集概述
本数据集围绕野生洋葱（Allium属，石蒜科）的染色体数目演化展开研究，涵盖分子系统发育分析、染色体数目变化模型推断等核心内容，包含系统发育重建用序列文件、染色体演化分析控制文件、附录文档及补充图表等18个文件，为植物多倍体演化机制研究提供支撑。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：Babin_and_Bell_Appendix_1.doc、Babin_and_Bell_Appendix_S1.docx、README.txt、control_file_chromEvol.txt
- 文件格式：DOC、DOCX、TXT
- 字段映射介绍：Appendix_1记录系统发育重建用GenBank登录号；Appendix_S1包含427种Allium属物种的配子体/孢子体染色体计数及亚属分类信息；README说明数据集文件关联关系；control_file_chromEvol为chromEvol分析控制参数文件
- 序列类文件
- 文件名称：concat_plastid.nex、rps16_intron_clustal.nex、matK_clustal.nex、trnL_trnF_clustal.nex、concatall.nex、rpl32_clustal.nex、fasta_allium_new.fac
- 文件格式：NEX、FAC
- 字段映射介绍：NEX文件为多序列比对结果（如质体基因concat_plastid、单基因rps16_intron等）；FAC文件为染色体演化分析用数据文件
- 系统发育树文件
- 文件名称：RAxML_bipartitions_new.tree
- 文件格式：TREE
- 字段映射介绍：包含系统发育分析得到的带分支支持率的树结构文件
- 图像文件
- 文件名称：Babin_and_Bell_Fig_S1.tif
- 文件格式：TIF
- 字段映射介绍：nrDNA与cpDNA联合分析的50%多数规则一致树补充图
数据来源
论文“Evolution of chromosome number in wild onions (Allium, Amaryllidaceae)”
适用场景
- 植物染色体演化机制研究：分析Allium属染色体数目变化模式（如单染色体增减、半多倍化事件）
- 分子系统发育分析：利用序列比对文件开展Allium属物种亲缘关系重建
- 多倍体植物多样性研究：结合染色体计数数据探究多倍化对植物分化的驱动作用
- 植物分类学研究：基于亚属分类信息及染色体数据完善Allium属分类体系
- 演化模型验证：通过chromEvol控制文件复现染色体数目演化模型推断过程
