数据集概述
本数据集包含来自ALOHA站点和Kaneohe湾的3株硅藻（Pseudo-nitzschia sp.、Chaetoceros sp.）和3株定鞭藻（Chrysochromulina sp.）的转录组组装数据。记录了培养物ID、生长条件（温度、光周期、培养基等）及转录组测序、质控、组装与后处理流程，包含原始与过滤后的转录组文件及方法文档，共9个文件。
文件详解
- 转录组组装文件（原始）
- 文件名称：AT125.Trinity.fasta.gz、KBHA01.Trinity.fasta.gz、ALTEMP.Trinity.fasta.gz、PnB2.Trinity.fasta.gz
- 文件格式：GZ压缩FASTA
- 字段映射介绍：包含各藻类培养物的原始转录组组装序列
- 转录组组装文件（过滤后）
- 文件名称：AT125.filtered.Trinity.fasta.gz、KBHA01.filtered.Trinity.fasta.gz、ALTEMP.filtered.Trinity.fasta.gz、PnB2.filtered.Trinity.fasta.gz
- 文件格式：GZ压缩FASTA
- 字段映射介绍：排除细菌、古菌、病毒序列后的转录组组装序列
- 方法文档
- 文件名称：ALOHA Cultures for RNA Methods.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：记录ALOHA站点藻类培养物的RNA提取相关方法
适用场景
- 海洋藻类转录组分析: 研究硅藻和定鞭藻的基因表达与功能注释
- 藻类培养条件优化: 分析不同培养基、环境条件对藻类转录组的影响
- 藻类分类与进化研究: 基于转录组序列探究硅藻与定鞭藻的系统发育关系
- 海洋微生物生态学: 结合采样地点分析ALOHA站点与Kaneohe湾藻类的分子生态特征
