数据集概述
本数据集通过基因组扫描验证“物种泵”假说，研究加勒比无翅蟋蟀（Amphiacusta sanctaecrucis）在维尔京群岛的种群分化。包含10个种群136个个体的约32000个单核苷酸多态性（SNPs）数据及相关分析文件，支持推断 colonization模型、遗传分化水平和分化时间，探讨岛屿连接周期对基因组分化的影响。
文件详解
- 文本文件（.txt）
- 文件名称：Amphiacusta82443SNPsForQuartets.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍： phylip格式文件，含82443个双等位基因SNPs，用于四重奏分析（SVDquartets）。第一列为标本编号（含种群缩写），后续列为SNP位点基因型数据。
- 文件名称：Amphiacusta10pops5558SNPsStructure.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍： 含10个种群5558个SNPs的结构分析数据，推测包含标本编号及对应SNP基因型信息（基于命名语义）。
- 压缩文件（.zip）
- 文件名称：sampleDownMSFSWithExampleInputFiles.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明： 包含多等位基因频率谱（MSFS）分析的示例输入文件及样本数据。
- 文件名称：InputFilesForFastsimcoal.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明： 包含用于Fastsimcoal软件的输入文件，支持种群分化模型模拟与参数估计。
数据来源
论文“Genomic tests of the species-pump hypothesis: recent island connectivity cycles drive population divergence but not speciation in Caribbean crickets across the Virgin Islands”
适用场景
- 物种泵假说验证: 分析岛屿连接与隔离周期对加勒比蟋蟀种群基因组分化的驱动作用。
- 种群遗传学研究: 利用SNPs数据推断 colonization模型、遗传分化水平及分化时间。
- 生物地理学分析: 探讨维尔京群岛地质历史（如岛屿连接周期）对生物种群结构的影响。
- 基因组分化机制研究: 解析高遗传分化未转化为物种形成的原因，支持加勒比生物地理学 broader 研究。
- 计算生物学模型验证: 基于提供的输入文件，复现或扩展Fastsimcoal等工具的种群模拟分析。
