数据集概述
本数据集包含加勒比濒危珊瑚物种Orbicella faveolata的共生体密度与宿主免疫研究相关数据及分析脚本。核心内容为通过实时荧光定量PCR（qPCR）获取的珊瑚样本扩增CT值，以及用于计算共生体与宿主细胞比率（S/H）的分析脚本，支持验证氨浓度对珊瑚共生体密度的影响。
文件详解
- 分析脚本
- 文件名称：SH_script.Rmd
- 文件格式：Rmd
- 字段映射介绍：导入qPCR数据，使用StepOne程序计算共生体与宿主细胞比率（S/H）
- 数据文件
- 文件名称：Data文件夹
- 文件格式：文件夹
- 字段映射介绍：包含qPCR仪获取的各珊瑚样本扩增CT值
- 输出文件
- 文件名称：Outputs文件夹
- 文件格式：文件夹
- 字段映射介绍：包含导出图表（图1）、S/H细胞比率值及事后Tukey比较结果
- 样本信息文件
- 文件名称：Sample_Plates.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含珊瑚样本处理信息（珊瑚群体、处理方式）及样本对应的qPCR板信息
数据来源
论文“Increased Algal Symbiont Density Reduces Host Immunity in a Threatened Caribbean Coral Species, Orbicella faveolata”
适用场景
- 珊瑚共生体密度分析: 利用qPCR数据计算共生体与宿主细胞比率，研究珊瑚共生关系
- 环境因子影响研究: 分析氨浓度对珊瑚共生体密度的影响机制
- 珊瑚免疫机制研究: 探索共生体密度变化与宿主免疫能力的关联
- 珊瑚保护策略制定: 为加勒比濒危珊瑚物种Orbicella faveolata的保护提供数据支持
- 生物数据分析方法参考: 借鉴实时荧光定量PCR数据处理及统计分析方法
