数据集概述
本数据集围绕澳大利亚塔斯马尼亚养殖大西洋鲑鱼胃肠道黏膜层定殖细菌特征展开,包含基于DADA2的细菌序列数据、差异丰度分析结果及子样本读取数据,覆盖多个调查年份的养殖场与孵化场样本,为研究鲑鱼肠道微生物组提供支持。
文件详解
该数据集包含15个文件,主要存储于单一目录下,具体说明如下:
- 序列数据文件(Excel格式):
- DADA2 2010_2011 farm survey data.xlsx、DADA2 2013_2014 farm survey data.xlsx等8个文件:包含DADA2输出的细菌序列、读取计数及基于GreenGenes2的分类信息
- Metadata summary.xlsx:提供序列来源、动物伦理许可及部分采样信息
- 差异丰度分析文件(Excel格式):共2个文件,包含细菌OTU读取丰度比较的转换数据及统计量(p值、效应量)
- 子样本读取数据文件:
- Subsampled read count data for Figure 1.xlsx:按样本类型和季节展示总体丰度趋势的子样本读取数据
- 其他文件:
- trials beta diversity workspace file.pwk:Beta多样性分析工作区文件
适用场景
- 水产养殖微生物研究:分析养殖大西洋鲑鱼肠道黏膜细菌群落结构与动态变化
- 环境因素影响研究:探究不同年份、季节及养殖场环境对鲑鱼肠道微生物的影响
- 微生物组功能分析:基于细菌分类数据研究肠道菌群的潜在生理功能
- 水产健康评估:为养殖鲑鱼的健康监测与疾病防控提供微生物组数据支持