数据集概述
本数据集围绕祖先凋亡网络的复杂性展开，基于对刺胞动物、线虫、昆虫、海胆、文昌鱼等无脊椎动物基因组的分析，揭示凋亡相关蛋白家族（如Apaf-1、Bcl-2、caspase）的进化历程，包括祖先多 paralog 现象、线虫/昆虫的基因丢失及脊椎动物的扩张，挑战了简单祖先网络的传统范式。
文件详解
- 序列与比对文件
- 文件名称：sequences_and_alignments.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含凋亡相关蛋白家族（Apaf-1、Bcl-2、caspase等）的核苷酸/氨基酸序列及多序列比对数据，支持进化分析。
- 凋亡数据文件
- 文件名称：apoptosis_data.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：涵盖不同物种凋亡网络组成、基因数量变化及功能差异的原始数据或分析结果。
- 附加图表文件
- 文件名称：godzik_additional_figure_4.eps
- 文件格式：EPS
- 字段映射介绍：可视化展示祖先凋亡网络进化相关的补充图表，如基因家族扩张/丢失模式图。
- 附加表格文件
- 文件名称：godzik_additional_table_2.doc、godzik_additional_table_3.doc、godzik_additional_table_4.doc
- 文件格式：DOC
- 字段映射介绍：包含凋亡蛋白家族成员统计、物种间基因数量对比、进化事件时间线等结构化数据表格。
数据来源
论文“Surprising complexity of the ancestral apoptosis network”
适用场景
- 细胞凋亡网络进化研究: 分析Apaf-1、Bcl-2、caspase等蛋白家族的祖先起源、扩张与丢失机制。
- 分子进化机制分析: 探究无脊椎动物（刺胞动物、线虫、海胆等）与脊椎动物凋亡网络的差异及形成原因。
- 比较基因组学研究: 基于多物种基因组数据，验证祖先基因多 paralog 现象及谱系特异性进化事件。
- 生物信息学方法应用: 利用序列比对、系统发育分析等技术，解析凋亡网络的复杂进化历史。
- 进化生物学教学参考: 作为案例展示调控网络非线性进化模式，挑战“从简单到复杂”的传统认知。
