数据集概述
本数据集为论文《Abiotic stress mediated chromatin landscape modulation in Arabidopsis thaliana》的补充材料，包含8个Excel表格和6个TIFF图像文件，记录拟南芥在冷、热、盐、干旱胁迫下的染色质可及性分析结果，涉及测序数据统计、开放染色质区域（OCRs）列表、基因本体（GO）富集分析及数字足迹等内容，用于支持染色质景观调控机制研究。
文件详解
- 数据表格文件（.xlsx格式，共8个）
- Supplementary File 1：FAIRE-seq和DNase-seq各样本的读段计数、比对率及基因组覆盖率统计
- Supplementary File 2：对照及胁迫样本的DNase超敏感位点（DHSs）列表
- Supplementary File 3：对照及胁迫样本的FAIRE-seq可及区域（FIRs）列表
- Supplementary File 4：冷、热、盐、干旱胁迫下唯一合并的开放染色质区域（OCRs）及染色质可及性评分列表
- Supplementary File 5：nrOCRs、SRCRs、SACRs区域的基因本体（GO）富集分析结果
- Supplementary File 6：重叠nrOCRs、SRCRs、SACRs区域的基因本体（GO）富集分析结果
- Supplementary File 7：对照与冷、热、盐、干旱胁迫组nrOCRs区域的数字足迹（DFPs）列表
- Supplementary File 8：所有胁迫下染色质可及（CAS>0.2）或不可及（CAS<-0.2）区域的注释详情
- 图像文件（.tif格式，共6个）
- Supplementary Fig S1：本研究对照样本DHSs与Zhang et al 2010、Sullivan et al 2014研究的重叠Venn图
- Supplementary Fig S2：各染色体上DHSs和FIRs的基因组位置线图
- Supplementary Fig S3：开放染色质区域与基因表达相关性的微阵列验证箱线图
- Supplementary Fig S4：拟南芥基因外显子中uFIRs、uDHSs及ovOCRs分布的柱状图
- Supplementary Fig S5：Ha-SACRs/Ha-SRCRs与基因表达相关性的微阵列验证箱线图
- Supplementary Fig S6：干旱样本中SACRs和SRCRs的基因组位置IGV快照
数据来源
拟发表于《Journal of Experimental Botany》染色质特刊的论文《Abiotic stress mediated modulation of chromatin landscape in Arabidopsis thaliana》
适用场景
- 植物非生物胁迫响应机制研究：分析拟南芥在冷、热、盐、干旱胁迫下的染色质可及性变化规律
- 染色质可及性调控分析：基于OCRs、DHSs、FIRs数据探究染色质景观调控模式
- 基因表达调控机制研究：通过OCRs与基因表达的相关性验证，解析染色质开放区域对基因表达的影响
- 转录因子结合位点预测：利用数字足迹（DFPs）数据挖掘非生物胁迫响应相关的转录因子结合区域
- 功能基因组学分析：通过GO富集结果研究胁迫响应相关基因的生物学功能分类
