数据集概述
本数据集记录了拟南芥(Arabidopsis thaliana)和荠菜(Capsella rubella)自然种群中开花时间变异的遗传学研究数据,重点关注FLOWERING LOCUS C(FLC)基因的突变影响,包含20份荠菜材料在不同条件下的开花时间观测及基因变异分析结果,共涉及4个文件。
文件详解
- README文件
- 文件名称:
README_for_Guo_table_S4.txt、README_for_Guo_table_S2.txt.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:分别对应表格S4和表格S2的说明文档,解释数据背景、分析方法及结果解读,其中S4的README提及SHORE v0.8和pindel v0.2.4s的分析结果及FLC基因模型标注
- 数据表格文件
- 文件名称:
Guo_table_S2.txt.gz
- 文件格式:GZ(压缩文本)
- 字段映射介绍:包含荠菜材料的开花时间观测数据,可能涉及不同环境条件(春化、光周期、温度)下的开花时间记录
- 基因变异表格文件
- 文件名称:
Guo_table_S4.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含5个工作表,Sheet1(SNPs,单核苷酸多态性)、Sheet2(short deletions,短缺失)、Sheet3(short insertions,短插入)、Sheet4(SVs,结构变异)、Sheet5(complex insertions/deletions,复杂插入缺失),记录1408号材料与参考材料MTE在FLC基因区间的变异差异
数据来源
标题为“Data from: Independent FLC mutations as causes of flowering time variation in Arabidopsis thaliana and Capsella rubella”的研究数据
适用场景
- 植物开花时间遗传学研究: 分析拟南芥和荠菜自然种群中FLC基因突变对开花时间的影响机制
- 植物适应性进化分析: 探究年轻物种荠菜经历遗传瓶颈后,开花时间变异的遗传基础复杂性
- 基因功能验证: 验证FLC基因在荠菜开花调控中的作用,对比拟南芥的已知机制
- 环境因子与开花时间关联分析: 研究春化、光周期、温度等环境条件对荠菜开花时间的调控效应
- 植物分子标记开发: 基于S4表格的基因变异数据,开发荠菜开花时间相关的分子标记