数据集概述
本数据集基于菊科（Asteraceae）家族特异性杂交捕获测序（Hyb-Seq）方法，包含112个样本在族、属、种不同分类水平的非同源位点数据，评估了该方法在多进化尺度的适用性及不同系统发育分析的结果，为菊科进化研究提供支持。
文件详解
- 文档文件
- 文件名称：README_for_1_Alignments_preliminary_supercontig_splashzones_Appendix_S4_APPS_Jonesetal.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：包含附录S4相关的预组装超连续体比对说明文档
- 压缩文件
- 文件名称：Supercontig_alignments_analysed_Cichorieae_and_Picris_spcomple_APPS_Jonesetal.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含菊苣族（Cichorieae）和Picris属样本的超连续体比对分析数据
- 文件名称：1_Alignments_preliminary_supercontig_splashzones_Appendix_S4_APPS_Jonesetal.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含附录S4相关的预组装超连续体比对数据
- 文件名称：All_alignments_exons_nonparalogs_posttrimming.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含所有外显子非同源位点的修剪后比对数据
- 文件名称：All_alignments_shrunken_APPS_Jonesetal.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含所有压缩后的比对数据
- 文件名称：All_alignments_supercontigs_APPS_Jonesetal_2019.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含2019年生成的所有超连续体比对数据
数据来源
论文“An empirical assessment of a single family-wide hybrid capture locus set at multiple evolutionary timescales in Asteraceae”
适用场景
- 菊科系统发育研究: 利用不同分类水平的位点数据，分析菊科植物的进化关系与分类地位
- 杂交捕获测序方法评估: 验证菊科特异性Hyb-Seq探针集在多进化尺度的适用性
- 系统发育分析方法优化: 研究不同数据集、长枝移除及分析类型对树分辨率和拓扑结构的影响
- 同源与非同源位点分析: 探究菊科各属在族内的独特非同源位点分布特征
- 进化生物学方法论研究: 分析数据构建方式与长枝吸引等方法学伪影对系统发育推断的影响
