数据集概述
本数据集包含ATG16L1缺陷及野生型小鼠巨噬细胞感染福氏志贺氏菌后的磷酸化蛋白质组与总蛋白质组FragPipe v22.0分析输出，支持下游差异表达及翻译后修饰分析。
文件详解
- 主文件: PTM_experiment_FP_22_Maculins_and_QC.zip，ZIP格式，包含以下目录内容：
- 磷酸化蛋白质组目录（data_ptm/FP_22/）：
- abundance_single-site_None.tsv：单磷酸化肽段定量数据（TSV格式）
- abundance_multi-site_None.tsv：多磷酸化肽段定量数据（TSV格式）
- p37688_db3_MusNShigella_20250219.fasta：FASTA数据库文件
- FragPipe工作流配置、MSFragger和IonQuant参数文件及执行日志
- 总蛋白质组目录（data_total/FP_22/）：
- p1/psm.tsv：Plex 1肽段-谱图匹配数据（TSV格式）
- p2/psm.tsv：Plex 2肽段-谱图匹配数据（TSV格式）
- 同上述FASTA数据库文件
- 工作流配置文件及日志
适用场景
- 蛋白质组学研究：分析ATG16L1缺陷对小鼠巨噬细胞蛋白质表达及磷酸化修饰的影响
- 感染免疫研究：探究福氏志贺氏菌感染下巨噬细胞的蛋白质组学变化
- 翻译后修饰分析：开展磷酸化位点差异表达及功能关联研究
- 生物信息学方法验证：测试下游差异分析工具（如prolfquapp R包）的性能
