数据集概述
本数据集为大西洋银汉鱼基因组局部适应研究的配套数据,基于北美东海岸热梯度分布的样本低覆盖度全转录组测序结果,含近14,000个高分化单核苷酸多态性(SNPs)及样本位置信息,揭示局部适应相关的基因组变异模式,支持适应性进化机制分析。
文件详解
- 文件名称:AtlanticSilversides_TranscriptomeWideSNPs_description.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:包含Contig(参考转录组中的contig名称)、Position(contig中的位置)、MajorAllele(推断的主要等位基因)、MinorAllele(推断的次要等位基因)、GA_MAF(次要等位基因频率)等字段描述
- 文件名称:SampleLocationDetails.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:记录大西洋银汉鱼样本的地理位置等信息(具体字段未提供详细映射)
- 文件名称:AtlanticSilversides_TranscriptomeWideSNPs_sorted.txt.gz
- 文件格式:TXT.GZ(压缩文本)
- 字段映射介绍:包含转录组范围的单核苷酸多态性(SNPs)数据,内容结构参考description.txt的字段定义
数据来源
论文“Footprints of local adaptation span hundreds of linked genes in the Atlantic silverside genome”
适用场景
- 海洋生物适应性进化研究:分析大西洋银汉鱼基因组中局部适应相关的遗传变异模式及选择信号
- 基因组结构与基因流互作分析:探究基因流对连续种群基因组结构的塑造作用
- 适应性性状的功能基因组学研究:关联高分化SNPs与脂类储存、代谢率、繁殖行为等适应性性状的基因功能
- 气候变化适应性评估:为海洋生物应对环境变化的遗传潜力分析提供数据支持