数据集概述
本数据集提供了Io蛾（Automeris io）的高质量PacBio HiFi基因组组装结果，旨在支持眼斑分子发育及反捕食防御进化的研究。Io蛾因显著的后翅眼斑成为研究拟态防御的新兴模型。数据集包含基因组组装相关的结果文件、注释文件及质量评估文件，共8个文件。
文件详解
- README.md
- 文件格式：MD
- 字段映射介绍：描述数据集包含的文件清单及相关说明，由Chelsea Skojec等作者提供
- Automeris_blob_result.blobDB.json
- 文件格式：JSON
- 字段映射介绍：blobtools分析结果文件，记录基因组组装序列的分类信息
- full_table.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：BUSCO评估结果表，包含Busco ID、状态、序列、基因起始/终止位置、链方向等字段，基于lepidoptera_odb10数据库
- Automeris_io_braker2_augustus.gtf
- 文件格式：GTF
- 字段映射介绍：BRAKER2和Augustus预测的基因注释文件，包含基因结构信息
- Automeris_io_blob_result.table.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：blobtools结果表格，记录基因组组装序列的覆盖度等信息
- Automeris_io_braker2_augustus_pep.aa
- 文件格式：AA
- 字段映射介绍：预测的蛋白质序列文件
- missing_busco_list.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：缺失的BUSCO序列列表，包含Busco ID字段
- short_summary.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：BUSCO评估简短摘要，包含基因组完整性等关键指标
数据来源
论文“Long read genome assembly of Automeris io (Lepidoptera: Saturniidae) an emerging model for the evolution of deimatic displays”
适用场景
- 基因组学研究：用于分析Automeris io的基因组结构和基因组成
- 眼斑发育分子机制研究：通过基因组数据探究眼斑形成的分子基础
- 反捕食防御进化研究：分析拟态防御相关基因的进化历程
- 基因组组装质量评估：利用BUSCO结果评估基因组组装的完整性
- 昆虫比较基因组学：与其他鳞翅目昆虫基因组进行比较分析
