数据集概述
本数据集围绕鲍曼不动杆菌防御系统展开分析，探究其与原噬菌体分布的关联，运用机器学习技术关联防御系统与原噬菌体的正负相关性，包含相关Python分析脚本及处理流程，为研究防御系统替换与原噬菌体分布的进化关系提供技术支持。
文件详解
- 核心文件:
- aba_defensome.zip: 压缩文件，包含所有分析脚本与数据处理文件
- Python脚本文件（.py格式）:
- binary_matrix.py: 生成防御系统二进制矩阵，用于Upset图输入
- coocurr_matrix.py: 生成防御系统共现矩阵，用于图2A输入
- defsys_pres_ann.py: 创建防御系统有无矩阵
- freq_phages_bymlst.py: 获取MLST分组中高频原噬菌体（占基因组10%）
- matrix_mlst_phages_freq.py: 生成原噬菌体按MLST分组的绝对/相对频率矩阵
- pres_aus_matrix_cl.py: 创建原噬菌体有无矩阵
- matrix_preaus_ml.py: 为原噬菌体有无矩阵添加防御系统及MLST分组列
- cdhit_heamtap.py: 读取CD-HIT输出构建变异矩阵
- triangle_to_square.py: 将三角矩阵转换为方阵
- merge_dist.py: 合并系统发育距离与Kimura距离并确定MLST关系
- 环境配置:
- 依赖包版本: numpy 1.26.4、pandas 2.2.2
适用场景
- 微生物进化研究: 分析防御系统替换与原噬菌体分布的进化关联
- 细菌防御机制研究: 探究防御系统与原噬菌体的互作关系
- 生物信息学方法应用: 复现防御系统与原噬菌体关联分析流程
- 机器学习在微生物学中的应用: 基于防御系统数据预测原噬菌体分布
