Bartholomea_annulata_Genomic_signatures_热带海葵同域物种形成研究数据集

数据集概述

本数据集聚焦热带珊瑚礁海葵Bartholomea annulata的基因组特征,支持同域物种形成(存在历史与当代基因流)的实证研究。包含物种界定脚本、群体遗传模拟数据集及Arlequin/Structure分析文件,覆盖基因流模式、选择位点识别等研究内容,是热带海葵进化生物学研究的重要基因组资源。

文件详解

  • 分析脚本与数据集包
  • 文件名称:Bann_spdelim_scripts.zip、FastsimcoalMoments_small_dataset.zip、FastsimcoalMoments_large_dataset.zip
  • 文件格式:ZIP
  • 字段映射介绍:压缩包内含物种界定分析脚本、群体遗传模拟(fastsimcoal2)的小/大型数据集,支持同域物种形成场景的模型检验与基因流分析。
  • Arlequin分析文件
  • 文件名称:Bannulata_spdelim_FINAL_intraspecific_arlequin.arp、Bannulata_spdelim_FINAL_interspecific_Arlequin.arp
  • 文件格式:ARP
  • 字段映射介绍:Arlequin软件输入文件,包含种内/种间群体遗传数据,支持核苷酸多样性、群体分化等统计分析。
  • Structure分析文件
  • 文件名称:Bannulata_spdelim_FINAL_intraspecific_structure.str、Bannulata_spdelim_FINAL_interspecific_structure.str.txt
  • 文件格式:STR、TXT
  • 字段映射介绍:Structure软件输入文件,包含样本ID、群体归属及基因型数据(以数字编码,-9表示缺失值),支持群体遗传结构聚类分析。

数据来源

论文“Genomic signatures of sympatric speciation with historical and contemporary gene flow in a tropical anthozoan (Hexacorallia: Actiniaria)”

适用场景

  • 同域物种形成机制研究:利用基因组数据检验热带海葵在基因流存在下的物种分化模式,对比同域与异域物种形成模型。
  • 群体遗传结构分析:通过Structure/Arlequin文件解析Bartholomea annulata的种内/种间遗传分化与基因流水平。
  • 适应性选择位点识别:结合参考基因组注释,从基因组数据中挖掘驱动物种形成的适应性选择基因座。
  • 海洋生物进化生态学研究:探讨热带珊瑚礁环境对海葵遗传多样性与物种形成的影响,支撑海洋生物资源保护策略制定。
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数据与资源

附加信息

字段
作者 Maxj
版本 1
数据集大小 7.2 MiB
最后更新 2025年12月28日
创建于 2025年12月28日
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