数据集概述
本数据集为印尼被忽视地区基孔肯雅病毒流行病学多站点研究的支持数据，用于基于BEAST v1.10.4的病毒序列系统发育分析。包含6个相关文件，涵盖序列比对、元数据、分析配置及结果文件，支持病毒进化研究。
文件详解
- IDN_CHIK_metadata.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含病毒序列名称、来源地（Origin）、研究标识（Study）等元数据，示例字段如name、Origin、Study
- Indonesia_CHIK_alignment.fa
- 文件格式：FA
- 字段映射介绍：印尼基孔肯雅病毒序列比对文件，存储病毒基因组序列信息
- IDN_CHIK_MCMC_tree
- 文件格式：无扩展名
- 字段映射介绍：MCMC树文件，存储系统发育分析的树结构结果
- IDN_CHIK.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：BEAST分析配置文件，包含分析参数及元数据配置
- IDN_CHIK_BEAST.trees
- 文件格式：TREES
- 字段映射介绍：BEAST分析生成的树文件，存储系统发育树集合
- IDN_CHIK_BEAST.log
- 文件格式：LOG
- 字段映射介绍：BEAST分析日志文件，记录分析过程中的参数及统计信息
数据来源
论文“A Multi-Site Investigation into the Epidemiology of Chikungunya Virus in Neglected Regions of Indonesia”
适用场景
- 病毒系统发育分析：利用序列比对与树文件，研究印尼基孔肯雅病毒的进化关系
- 流行病学研究：通过元数据与进化分析结果，分析病毒在印尼被忽视地区的传播规律
- 病毒基因组学研究：基于序列数据探究病毒基因组特征及变异情况
- 公共卫生监测：为印尼基孔肯雅病毒的防控策略制定提供数据支持
