数据集概述
本数据集围绕被子植物自交不亲和系统展开，分析单倍型的多样性扩张或崩溃机制，通过模型计算不同初始单倍型集合与基因转换率下的单倍型数量变化概率，揭示其稳定分布规律。
文件详解
- 代码文件（.r格式，28个）：
- 分析脚本：如analytic_survival.R（生存分析）、rescue_from_trajectory.R（拯救轨迹分析）、sc.R（自交亲和性分析）
- 绘图脚本：如make_rescue_barplot.R（生成拯救概率条形图）
- 轨迹生成脚本：如make_lumped_trajectory.R（生成聚合轨迹）
- 数据文件（.csv格式，27个）：
- 转换概率文件：如transition_L=2_R=0.2.csv（L=2、R=0.2时的单倍型转换概率矩阵）
- 生存数据文件：如L=4_U=10_survive_A.csv（L=4、U=10时的生存数据）
- 拯救概率文件：rescue.csv（含L、U、N、conversion_rate、rescue_probability字段）
- 脚本文件（.sh格式，7个）：
- 批量处理脚本：如make_trajectories.sh（批量生成轨迹）、calculate_rescue.sh（计算拯救概率）
- 文档与配置文件：
- README.txt：说明工作流程（轨迹生成、拆分等步骤）
- equilibria.txt：记录平衡解数据，含Mutation、Selfing、RNases等参数
- test.pdf：测试相关文档
- sc-balance.nb：自交亲和性平衡分析文档
适用场景
- 植物遗传学研究：分析自交不亲和系统中单倍型的进化动态
- 群体遗传学建模：验证基因转换率对单倍型多样性的影响
- 进化生物学分析：探究瓶颈效应下小种群单倍型的丢失机制
- 计算生物学应用：利用Markov链模型模拟单倍型数量的稳定分布
