数据集概述
本数据集为日本枫桦(Betula maximowicziana)种群遗传学研究数据,包含48个种群的遗传结构分析结果,涉及12个EST-SSR标记及补充的11个基因组SSR位点数据。通过近似贝叶斯计算(ABC)推断种群演化历史,揭示其遗传结构源于祖先多态性而非混合,种群分化与末次冰期相关。数据集含2个文件,记录种群基因型及分析背景信息。
文件详解
- README_for_Tsuda_Betulamaximowicziana_genotypes.txt
- 文件格式:TXT
- 内容介绍:数据集说明文档,解释基因型数据的来源、样本信息及分析背景
- Tsuda_Betulamaximowicziana_genotypes.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含两个工作表
- sheet"1416indiv12Loc":1416个个体(48个种群)的基因型数据,字段包括个体ID、种群编号(对应表S1和图1)、纬度、经度、12个EST-SSR标记基因型,缺失数据编码为0
- sheet"441indiv23LocDIYABC":用于DIYABC分析的基因型数据,包含原始个体ID、种群编号(1/2/3)、12个EST-SSR+11个基因组SSR共23个位点的基因型
数据来源
论文“The population demography of Betula maximowicziana, a cool temperate tree species in Japan, in relation to the last glacial period: Its admixture-like genetic structure is the result of simple population splitting not admixing”
适用场景
- 森林遗传学研究:分析日本枫桦种群遗传多样性、结构及演化历史
- 末次冰期物种响应研究:探究温带树种对冰期气候波动的种群动态响应
- 种群保护策略制定:基于遗传结构信息制定日本枫桦本地遗传变异保护方案
- 分子标记应用验证:评估EST-SSR与基因组SSR标记在种群遗传学研究中的适用性
- 贝叶斯演化推断:作为近似贝叶斯计算(ABC)分析的基因型数据案例