数据集概述
本数据集是论文“Host immune responses to enzootic and invasive pathogen lineages vary in magnitude, timing, and efficacy”的第二次发布版本，用于Zenodo存档。包含18个文件，涉及Brachycephalus pitanga暴露于Bd-GPL和Bd-Brazil病原体后的基因表达、测序元数据、生物信息学分析脚本及注释报告等内容，支持两栖动物宿主对不同病原体谱系免疫反应的研究。
文件详解
- 测序元数据文件
- 文件名称：bpit_sequencing_metadata.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含rep_name（重复名称）、rep（重复编号）、treatment（处理组）、time（时间点）、file_name（文件名）、sample_id（样本ID）、animal_id（动物ID）、tissue（组织）、rna_isolation（RNA提取方法）、rna_iso_batch（RNA提取批次）、library_prep_date（文库制备日期）、library_batch（文库批次）、seq_lane（测序 lane）、seq_batch（测序批次）等元数据字段
- 基因表达矩阵文件
- 文件名称：bpit_RSEM_new.gene.counts.matrix
- 文件格式：.matrix
- 字段映射介绍：包含基因表达计数矩阵数据
- 原始测序数据文件
- 文件名称：bpit_pe.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含双端测序的FASTA格式序列数据
- 差异基因表达分析文件
- 文件名称：FileS1_DGE_allcomparisons.xlsx、FileS2_enrichment_allcomparisons.xlsx、bpit_DGE_edgeR.R、bpit_DGE_dataexplore.R
- 文件格式：XLSX、R
- 字段映射介绍：包含所有比较组的差异基因表达（DGE）数据、富集分析结果及对应的R分析脚本
- 注释报告文件
- 文件名称：trinotate_annotation_report_v2.xls、bpit_new_trinotate.txt
- 文件格式：XLS、TXT
- 字段映射介绍：包含Trinotate注释报告及相关注释结果
- 生物信息学分析脚本文件
- 文件名称：bpit_trinity_aln_est1.sh、bpit_trinotate_signalp.sh、bpit_trinotate_pipeline.sh、bpit_run_trinity.sh、bpit_trinotate_hhmscan.sh、bpit_trinotate_tmhmm.sh、bpit_trinotate_rnammer.sh等共9个.sh文件
- 文件格式：.sh
- 字段映射介绍：包含Trinity组装、Trinotate注释（SignalP、HHMscan、TMHMM、RNAmmer等工具调用）的Shell脚本
数据来源
Zenodo存档（关联论文“Host immune responses to enzootic and invasive pathogen lineages vary in magnitude, timing, and efficacy”）
适用场景
- 两栖动物免疫研究: 分析Brachycephalus pitanga对Bd-GPL和Bd-Brazil不同病原体谱系的免疫反应差异
- 基因表达分析: 利用差异基因表达数据研究病原体暴露后的基因表达变化及调控机制
- 生物信息学流程复现: 通过提供的Shell脚本复现Trinity组装、Trinotate注释等生物信息学分析流程
- 病原体感染机制研究: 探究宿主对地方性和入侵性病原体谱系的免疫反应强度、时机和有效性差异
- 转录组注释分析: 基于注释报告研究Brachycephalus pitanga转录组的功能注释信息
