数据集概述
本数据集基于转录组测序技术，针对十字花科植物开发新型核标记。通过将两种远缘十字花科物种（Cardamine hirsuta和Arabis alpina）的转录组测序 reads 映射到拟南芥参考基因组，生物信息学识别保守序列基序，开发编码区（NPCL）和外显子引物内含子跨接（EPIC）引物对，提供2334对通用引物，支持十字花科系统发育和群体遗传研究。
文件详解
- README文档
- 文件名称：
README_for_Arabis_alpina_and_Cardamine_hirsuta_mapped.docx、README_for_Concatenated_alignments.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：分别说明转录组reads映射过程、串联比对文件的相关信息，包含实验方法、数据处理流程等说明内容
- 压缩文件
- 文件名称：
Concatenated_alignments.zip、Arabis_alpina_and_Cardamine_hirsuta_mapped.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：前者包含序列串联比对数据，后者包含Cardamine hirsuta和Arabis alpina转录组reads映射到拟南芥参考基因组的相关数据
数据来源
论文“Efficient detection of novel nuclear markers for Brassicaceae by transcriptome sequencing”
适用场景
- 十字花科核标记开发: 利用转录组测序数据识别保守序列，开发通用核引物对
- 植物系统发育研究: 通过引物对扩增序列进行十字花科不同分类阶元的系统发育重建
- 群体遗传学分析: 检测十字花科物种的分子多态性，研究种群遗传结构与动态
- 非模式植物分子标记设计: 为缺乏DNA序列信息的非模式十字花科植物提供分子标记资源
- 转录组数据应用: 探索转录组测序技术在核标记开发中的应用方法与流程优化
