数据集概述
本数据集围绕四种同域分布广头蝽物种与环境获取细菌共生体的伙伴关联展开,通过16S rRNA基因测序等技术分析49个个体共生器官内的细菌种群,重点探究伯克霍尔德菌的共生特异性、功能作用及环境获取机制,包含7项核心分析对应的原始数据与脚本文件。
文件详解
- README.txt(TXT格式):数据集说明文档,概述7项分析的分组逻辑及各文件对应的研究内容,包含生存发育实验的数据字段解释(如Burkholderia有无、 censoring状态、蜕皮时间等)与R脚本说明。
- heatmap.zip(ZIP格式):热图分析相关压缩文件,可能包含细菌种群分布热图的原始数据或可视化结果。
- AMOVA.zip(ZIP格式):分子方差分析(AMOVA)相关压缩文件,用于探究细菌种群遗传变异的来源。
- survival.development.zip(ZIP格式):生存发育实验数据压缩文件,包含Atomentosus.survival(生存状态数据)、molt.times.csv(蜕皮时间数据)及surv&dev.R(分析脚本)。
- 16Sphylogeny.nex(NEX格式):16S rRNA基因系统发育分析文件,用于构建细菌的系统发育树。
- ZOIassays.zip(ZIP格式):抑菌圈实验(zone of inhibition assays)相关压缩文件,包含昆虫防御对细菌生长抑制作用的实验数据。
- mlst.zip(ZIP格式):多位点序列分型(MLST)相关压缩文件,用于细菌种群的基因型分析。
- PERMANOVA.zip(ZIP格式):置换多元方差分析(PERMANOVA)相关压缩文件,用于分析宿主物种对细菌分布的影响。
适用场景
- 昆虫-微生物共生特异性研究:分析广头蝽与伯克霍尔德菌等共生体的伙伴关联特异性及宿主物种的影响。
- 共生细菌功能验证:通过生存发育实验数据探究伯克霍尔德菌对宿主存活的有益作用。
- 环境获取共生体机制分析:结合环境 reservoir 与抑菌实验数据,研究共生体的环境获取途径及昆虫防御的筛选作用。
- 细菌种群遗传多样性分析:利用16S rRNA基因测序、MLST等数据解析共生细菌的种群结构与进化关系。
- 微生物生态统计分析:通过AMOVA、PERMANOVA等分析工具,探究细菌种群变异的驱动因素。