数据集概述
本数据集包含嗜仙人掌果蝇物种的基因组序列、基因注释、转座元件（TE）注释及质量控制数据，用于支持“转座元件促进嗜仙人掌果蝇宿主转移相关基因进化”的研究。数据集涵盖多种果蝇物种的基因组组装、注释文件及测序质量控制文件，共27个文件，是研究果蝇基因组进化与功能的基础数据资源。
文件详解
- 基因组组装文件
- 文件名称：如D_koepferae_genome.fasta.gz、D_moj_wrigleyi_genome.fasta.gz、D_buzzatii_genome.fasta.gz等
- 文件格式：.fasta.gz（压缩的FASTA格式）
- 字段映射介绍：包含果蝇物种的基因组序列数据
- 基因注释文件
- 文件名称：如D_koepferae_genes.gff.gz、D_moj_wrigleyi_genes.gff.gz、D_arizonae_genes.gff.gz等
- 文件格式：.gff.gz（压缩的GFF格式）
- 字段映射介绍：包含基因结构注释信息
- 转座元件注释文件
- 文件名称：如D_arizonae_TEs.gtf、D_koepferae_TEs.gtf、D_buzzatii_TEs.gtf等
- 文件格式：.gtf
- 字段映射介绍：包含转座元件的注释信息
- 转座元件库文件
- 文件名称：如D_arizonae_TElibrary.fa、D_koepferae_TElibrary.fa、D_buzzatii_TElibrary.fa等
- 文件格式：.fa
- 字段映射介绍：包含转座元件序列库数据
- 质量控制文件
- 文件名称：QC_nanopore_genomes.zip、QC_RNA-seq.zip
- 文件格式：.zip（压缩包）
- 字段映射介绍：分别包含纳米孔基因组测序质量控制数据和RNA-seq测序质量控制数据
数据来源
研究论文“Transposable elements contribute to the evolution of host shift-related genes in cactophilic Drosophila species”
适用场景
- 基因组进化研究：分析嗜仙人掌果蝇物种的基因组结构与进化关系
- 基因功能注释：基于基因注释文件研究果蝇基因的功能与表达调控
- 转座元件分析：探究转座元件在果蝇基因组中的分布、类型及进化动态
- 宿主转移机制研究：结合注释数据解析转座元件对果蝇宿主转移相关基因进化的影响
- 测序质量评估：利用质量控制文件验证基因组和转录组测序数据的可靠性
- 生物信息学方法验证：作为基准数据测试基因组组装、注释及分析流程的性能
