数据集概述
本数据集围绕Calanus finmarchicus的滞育与繁殖程序转录表型展开，通过基因表达降维与功能分析，识别程序特异性基因及生物学过程，揭示生理差异并建立区分协议，为探究个体进入滞育程序的机制提供数据支持。
文件详解
- 说明文档:
- Readme-File_description.pdf: PDF格式，提供数据集文件的描述说明
- 序列数据文件:
- mtCOI-sequences.txt: TXT格式，包含Calanus finmarchicus的mtCOI转录RNA序列数据
- 基因注释与表达数据文件:
- cfin_96k_annotSwissProt+GO.csv: CSV格式，含seq_id、swissprot注释、GO功能注释等字段
- cfin_96k_bowtieRPKM.csv: CSV格式，记录基因表达的RPKM值
- cfin_96k_bowtieLogRPKM.txt: TXT格式，记录基因表达的LogRPKM值
- cfin_96k_BowtieCounts.csv: CSV格式，包含不同处理组的基因计数数据
- cfin_DEGs+moduleMap_log2RPKM.csv: CSV格式，含差异表达基因及log2RPKM值
- cfin_96k_bowtieZscore.csv: CSV格式，记录基因表达的Zscore值
- 过滤基因列表文件:
- Filter-GOOSE-LipidMet&FAbiosy.txt: TXT格式，脂质代谢与脂肪酸生物合成相关基因过滤列表
- Filter-GOOSE-Oogenesis.txt: TXT格式，卵子发生相关基因过滤列表
- Filter-GOOSE-RNAmetabolicProcess.txt: TXT格式，RNA代谢过程相关基因过滤列表
- 可视化结果文件:
- Fig9f_heatmaply.html、Fig7-FAbiosynthesis-DEGs_heatmaply.html、Fig9b_heatmaply.html等6个HTML文件，为基因表达热图可视化结果
适用场景
- 桡足类滞育机制研究: 分析滞育与繁殖程序的基因表达差异
- 海洋浮游动物生理研究: 探究Calanus finmarchicus季节适应性的分子基础
- 转录组数据分析方法验证: 测试基因表达降维与功能分析在浮游动物研究中的应用
- 功能基因筛选: 识别滞育程序相关的候选功能基因
- 环境适应性进化研究: 分析季节环境变化对浮游动物发育程序的调控机制
