数据集概述
本数据集围绕加勒比珊瑚礁海绵Callyspongia vaginalis的线粒体与核基因组遗传分化模式展开，包含实测基因序列数据、模拟数据及分析脚本，用于评估不完全谱系分选（ILS）相关统计量的有效性，探究该海绵线粒体核基因组不和谐的驱动因素。
文件详解
- 基因序列文件
- 文件名称：Cathespsin.phy、Macrophage_expressed_protein.phy、Filamin.phy、Cirhin.phy、Elongation_factor1a.phy、Catalase.phy
- 文件格式：PHY
- 字段映射介绍：包含6个核蛋白编码基因区域的序列数据，用于分析遗传多样性与种群分化模式
- 存档文件
- 文件名称：Simualted Data for ILS Null Fast Rate.zip、Simualted Data for ILS Null Slow Rate.zip、Simulated Data For SumStat Test.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含用于测试ILS无效模型的模拟数据，分快速与慢速进化速率场景
- 序列信息文件
- 文件名称：ENA_accession_numbers_and_sequences.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含ENA数据库登录号及对应基因序列信息
- 分析脚本文件
- 文件名称：R_script_SumStats、Script_to_split_infiles.py、Scripts_null_distributions.txt
- 文件格式：无扩展名、PY、TXT
- 字段映射介绍：包含统计分析R脚本、数据拆分Python脚本及模拟序列数据生成脚本，用于创建ILS测试的无效分布
数据来源
论文“Evaluating summary statistics used to test for incomplete lineage sorting: mito-nuclear discordance in the reef sponge Callyspongia vaginalis”
适用场景
- 海绵遗传多样性研究：通过核基因与线粒体基因序列数据，分析Callyspongia vaginalis的种群遗传结构与分化模式
- 线粒体核基因组不和谐机制探究：对比实测与模拟数据，验证不完全谱系分选、选择压力等因素对遗传分化的影响
- 生物统计学方法评估：测试不同统计量在检测不完全谱系分选及解释遗传不和谐中的有效性
- 珊瑚礁生物保护策略制定：基于遗传分化数据，为加勒比海域海绵物种的保护提供遗传学依据
