数据集概述
本数据集包含六个大平原草原松鸡种群的五个非主要组织相容性复合体(MHC)免疫基因及六个中性微卫星标记的基因变异数据,用于研究遗传漂变和选择对免疫基因地理变异的影响。数据覆盖威斯康星等六个种群,记录免疫基因单倍型、SNP位点及微卫星基因型信息,共8个文件。
文件详解
- 文档文件(.txt格式,共4个)
- README_for_SNP haplotypes.txt:SNP单倍型数据说明文档
- README_for_Microsat genotypes.txt:微卫星基因型数据说明文档
- README_for_Immune Gene Alignments.txt:免疫基因序列比对说明文档
- README_for_22 individual SNP loci.txt:22个个体SNP位点数据说明文档
- 数据文件(.csv格式,共3个)
- 22 individual SNP loci.csv:包含样本ID、种群(Pop)及22个SNP位点(CH0-CH2、IL0-IL1等)的基因型数据
- SNP haplotypes.csv:包含样本ID、种群(pop)及五个免疫基因(ChB6、IL2、TGFB3、IAP-1、TRAIL-like)的单倍型数据
- Microsat genotypes.csv:微卫星标记基因型数据文件
- 归档文件(.zip格式,共1个)
- Immune Gene Alignments.zip:免疫基因序列比对文件压缩包
数据来源
论文“Drift and selection influence geographic variation at immune loci of prairie-chickens”
适用场景
- 免疫基因进化研究:分析遗传漂变与选择对草原松鸡免疫基因变异的影响机制
- 种群遗传学分析:比较不同草原松鸡种群(WI、NE、MN等)的免疫基因多样性及遗传结构
- 分子生态学研究:探究免疫基因变异与种群大小的相关性
- 进化生物学模型验证:验证中性进化理论与自然选择在免疫基因进化中的相对作用