数据集概述
本数据集是cartloader公开教程的一部分，基于10X Xenium小鼠数据集，展示如何使用cartloader工具包将空间转录组数据转换为Web优化的空间索引PMTiles格式，用于下游分析、交互式Web可视化和跨平台数据共享。包含SGE数据集及其FICTURE分析得到的空间因子相关文件，共69个文件。
文件详解
- PMTiles文件（57个）
- 文件名称：如genes_bin14.pmtiles、genes_bin40.pmtiles等
- 文件格式：PMTiles
- 字段映射介绍：Web优化的空间索引文件，用于空间转录组数据的交互式可视化与共享
- TSV文件（10个）
- 文件名称：如t12-f12-info.tsv、t12-f12-p12-a6-pseudobulk.tsv、t12-f6-model.tsv等
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：包含基因表达数据（如Feature列及对应数值）、空间因子信息、模型分析结果等
- YAML文件（1个）
- 文件名称：catalog.yaml
- 文件格式：YAML
- 字段映射介绍：配置文件，可能包含数据集目录信息
- JSON文件（1个）
- 文件名称：genes_bin_counts.json
- 文件格式：JSON
- 字段映射介绍：数组结构，包含基因名称、计数、分箱信息（如{'gene': 'Slc17a7', 'count': 162666, 'bin': 1}）
数据来源
cartloader公开教程（https://seqscope.github.io/cartloader/vignettes/subregion_tutorials/xenium/）
适用场景
- 空间转录组数据可视化优化: 利用PMTiles格式文件实现跨平台的交互式Web可视化
- 生物信息学下游分析: 基于转换后的空间转录组数据开展基因表达分布、空间因子等分析
- 空间转录组数据共享: 通过Web优化格式实现多平台数据共享与协作
- 生物空间数据分析工具验证: 验证cartloader工具包在空间转录组数据处理中的应用效果
