数据集概述
本数据集是cartloader公开教程的成果，基于Vizgen MERSCOPE小鼠空间转录组数据集，展示如何使用cartloader工具包将空间转录组数据转换为网络优化的空间索引PMTiles格式，用于下游分析、交互式网络可视化和跨平台数据共享。包含69个文件，主要为PMTiles格式的空间数据文件及配套的信息、模型和配置文件。
文件详解
- 核心数据文件（PMTiles格式）
- 文件名称：genes_bin38.pmtiles、genes_bin22.pmtiles等（共57个）
- 文件格式：PMTiles
- 字段映射介绍：网络优化的空间索引文件，包含空间转录组数据的空间分布信息，支持交互式可视化和跨平台共享
- 信息与模型文件（TSV格式）
- 文件名称：t12-f6-info.tsv、t12-f12-model.tsv等（共10个）
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：包含数据集信息（如t12-f6-info.tsv）、FICTURE分析得到的空间因子模型数据（如t12-f6-model.tsv包含基因特征值矩阵）
- 配置文件（YAML格式）
- 文件名称：catalog.yaml
- 文件格式：YAML
- 字段映射介绍：数据集配置文件，定义数据目录和文件结构
- 统计文件（JSON格式）
- 文件名称：genes_bin_counts.json
- 文件格式：JSON
- 字段映射介绍：基因bin计数统计信息，记录不同bin的基因数量分布
数据来源
cartloader公开教程（https://seqscope.github.io/cartloader/vignettes/subregion_tutorials/merscope/）
适用场景
- 空间转录组数据可视化：使用PMTiles文件进行交互式网络可视化，展示基因的空间分布
- 生物信息学下游分析：基于PMTiles格式的空间数据进行基因表达的空间模式分析
- 跨平台数据共享：利用PMTiles的网络优化特性，实现空间转录组数据的高效跨平台共享
- 空间转录组工具开发：作为cartloader工具包的应用案例，支持空间转录组数据转换工具的开发与测试
- 基因空间分布研究：通过基因bin的PMTiles文件分析特定基因在组织空间中的分布规律
