数据集概述
本数据集包含北海道 Salamander（Hynobius retardatus）在捕食者和猎物诱导下表型可塑性的转录组分析数据，涵盖转录组注释、差异表达基因（DEG）分析结果、转录组序列、基因表达计数矩阵及形态测量数据，共6个文件，用于研究该物种表型可塑性的分子机制。
文件详解
- EzoSal.transcriptome.annotation.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：包含Contig（重叠群）、Human Ensembl ID（人类 Ensembl 基因ID）、Human Gene Name（人类基因名称）等字段，记录转录组的注释信息。
- DEG.piarwise.output.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：差异表达基因的成对比较分析结果压缩包。
- Ezosal.transcriptome.Trinity_components.counts.matrix
- 文件格式：MATRIX
- 内容说明：Trinity组装的转录组组件的基因表达计数矩阵。
- Morphological.measurements.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：形态测量数据压缩包，包含表型相关的测量信息。
- Trinity.EzoSal.fasta
- 文件格式：FASTA
- 内容说明：Trinity组装的北海道 Salamander 转录组序列文件。
- DEG.GLM.output.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：差异表达基因的广义线性模型（GLM）分析结果压缩包。
数据来源
标题：Data from: Transcriptome analysis of predator- and prey-induced phenotypic plasticity in the Hokkaido salamander (Hynobius retardatus)
适用场景
- 两栖动物表型可塑性分子机制研究: 分析捕食者和猎物诱导下的基因表达差异，探究表型可塑性的分子基础。
- 转录组注释与功能基因组学研究: 利用注释文件和序列数据，开展基因功能注释及基因组学分析。
- 差异表达基因分析: 通过DEG分析结果，研究不同诱导条件下的基因表达调控网络。
- 形态-分子关联分析: 结合形态测量数据与转录组数据，揭示表型变化与基因表达的关联。
- 进化生物学研究: 探讨表型可塑性进化过程中分子机制的共选择与新调控机制的获得。
