数据集概述
本数据集聚焦鸟类线粒体基因组的趋同适应性进化研究，分析高海拔、迁徙、潜水等表型相关的线粒体基因平行或趋同变化信号，筛选ND基因中的候选适应位点，探讨随机巧合与适应性进化对趋同事件的解释力。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：说明表型编码（HI高海拔、DI潜水、FM长距离迁徙等）、文件类型对应内容及分析方法概述
- 序列类文件
- 文件名称：R2AI_fin.fasta、R2FM_fin.fasta等6个.fasta文件
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含13个线粒体基因的串联比对序列，对应不同表型分组的鸟类样本
- 进化树类文件
- 文件名称：best_iqtree_rooted.newick、R2AI_inner_nodes.newick等7个.newick文件
- 文件格式：NEWICK
- 字段映射介绍：存储鸟类系统发育树，包括所有分析物种的根树及各表型分组的内部节点树
- 表型记录类文件
- 文件名称：R2AI_phen_rec.txt、R2FM_phen_rec.txt等7个.txt文件
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录不同鸟类样本的表型状态（如0/1编码），对应各适应性表型分组
- 坐标类文件
- 文件名称：MT_genes_coordinates_in_alignment.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：存储线粒体基因在比对序列中的起始和终止坐标信息
适用场景
- 进化生物学研究：分析鸟类线粒体基因在不同适应性表型下的平行/趋同进化模式
- 分子适应机制研究：探讨ND基因等线粒体基因位点与高代谢、低氧环境适应的关联
- 生物信息学方法验证：测试趋同进化信号检测算法在鸟类线粒体基因组中的应用效果
- 比较基因组学分析：基于线粒体基因序列与系统发育树，开展跨物种表型-基因型关联研究
