COXSIMDB_Based人鼠基因共表达保守性分析与功能模块识别数据

数据集概述

本数据集源于人鼠基因共表达谱比较研究,通过评估同源基因共表达列表的相似性,构建保守基因网络以识别功能模块。包含共表达相似性数据、转折点分析及GO术语富集结果等文件,可用于挖掘基因功能关系,无需先验知识即可检测免疫、细胞周期等富集模块,支持新型功能模块探索。

文件详解

  • README文件
  • 文件名称:README_for_coexpression-conservation-between-human-and-mouse.txt
  • 文件格式:TXT
  • 字段映射介绍:说明文件命名格式(HUMAN_GENE_ID-MOUSE_GENE_ID.txt)及JSON文件字段,包括COXSIM10(N≤10对应基因数总和)、COXSIM20(N≤20对应基因数总和)、COXSIM50(N≤50对应基因数总和)、COXSIM100(共表达相似性值)等共表达相似性指标。
  • 压缩包文件
  • 文件名称:coexpression-conservation-between-human-and-mouse.zip
  • 文件格式:ZIP
  • 字段映射介绍:归档文件,推测包含人鼠同源基因对的共表达相似性数据文件(按HUMAN_GENE_ID-MOUSE_GENE_ID.txt命名)。
  • 转折点分析文件
  • 文件名称:Turning-Point.xlsx
  • 文件格式:XLSX
  • 字段映射介绍:推测包含共表达相似性分析中的转折点数据,用于识别保守基因网络构建的关键阈值或节点。
  • GO术语富集文件
  • 文件名称:Enriched-GO-Terms.xlsx
  • 文件格式:XLSX
  • 字段映射介绍:包含功能模块的GO(基因本体)术语富集结果,如免疫系统、细胞周期等功能富集信息。

数据来源

论文“Comparison of gene coexpression profiles and construction of conserved gene networks to find functional modules”及http://v1.coxsimdb.info数据库

适用场景

  • 基因功能模块识别: 利用人鼠共表达保守性数据,挖掘无先验知识的功能相关基因集合。
  • 跨物种基因网络保守性研究: 分析人鼠同源基因共表达模式的相似性,构建保守基因网络。
  • 生物信息学算法验证: 验证基于共表达谱比较识别功能模块方法的有效性。
  • 功能基因组学研究: 通过GO术语富集结果,探索基因模块的生物学功能(如免疫、细胞周期)。
  • 新型功能模块发现: 筛选无注释的功能模块,作为潜在新型功能单元的研究候选。
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数据与资源

附加信息

字段
作者 Maxj
版本 1
数据集大小 996.27 MiB
最后更新 2026年1月26日
创建于 2026年1月26日
声明 当前数据集部分源数据来源于公开互联网,如果有侵权,请24小时联系删除(400-600-6816)。