数据集概述
本数据集源于人鼠基因共表达谱比较研究,通过评估同源基因共表达列表的相似性,构建保守基因网络以识别功能模块。包含共表达相似性数据、转折点分析及GO术语富集结果等文件,可用于挖掘基因功能关系,无需先验知识即可检测免疫、细胞周期等富集模块,支持新型功能模块探索。
文件详解
- README文件
- 文件名称:README_for_coexpression-conservation-between-human-and-mouse.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:说明文件命名格式(HUMAN_GENE_ID-MOUSE_GENE_ID.txt)及JSON文件字段,包括COXSIM10(N≤10对应基因数总和)、COXSIM20(N≤20对应基因数总和)、COXSIM50(N≤50对应基因数总和)、COXSIM100(共表达相似性值)等共表达相似性指标。
- 压缩包文件
- 文件名称:coexpression-conservation-between-human-and-mouse.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:归档文件,推测包含人鼠同源基因对的共表达相似性数据文件(按HUMAN_GENE_ID-MOUSE_GENE_ID.txt命名)。
- 转折点分析文件
- 文件名称:Turning-Point.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:推测包含共表达相似性分析中的转折点数据,用于识别保守基因网络构建的关键阈值或节点。
- GO术语富集文件
- 文件名称:Enriched-GO-Terms.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含功能模块的GO(基因本体)术语富集结果,如免疫系统、细胞周期等功能富集信息。
数据来源
论文“Comparison of gene coexpression profiles and construction of conserved gene networks to find functional modules”及http://v1.coxsimdb.info数据库
适用场景
- 基因功能模块识别: 利用人鼠共表达保守性数据,挖掘无先验知识的功能相关基因集合。
- 跨物种基因网络保守性研究: 分析人鼠同源基因共表达模式的相似性,构建保守基因网络。
- 生物信息学算法验证: 验证基于共表达谱比较识别功能模块方法的有效性。
- 功能基因组学研究: 通过GO术语富集结果,探索基因模块的生物学功能(如免疫、细胞周期)。
- 新型功能模块发现: 筛选无注释的功能模块,作为潜在新型功能单元的研究候选。