数据集概述
本数据集为平行CRISPR-Cas9筛选实验数据，针对野生型和TP53敲除的人视网膜色素上皮细胞，使用靶向852个DDR相关基因的双引导RNA文库开展实验，研究细胞p53状态对CRISPR-Cas9筛选性能的影响，包含分析结果、计数数据等9个文件。
文件详解
- 代码文件
- 文件名称：analysis_and_charts.ipynb
- 文件格式：IPYNB
- 字段映射介绍：用于数据分析与图表生成的Jupyter笔记本文件
- 压缩文件
- 文件名称：mageck_results.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含MAGeCK分析结果的压缩包
- 文件名称：other_counts.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含其他计数数据的压缩包
- 文本文件
- 文件名称：OR_gene_list.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含OR基因列表，如OR1D2、OR1F1等
- 表格文件
- 文件名称：all_magecks.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含所有MAGeCK分析结果的表格数据
- 文件名称：p53_screen.counts.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：包含CRISPR-Cas9筛选的计数数据，字段有guide、gene及各样本计数（如c4_D3、c2_D3等）
- 文件名称：guide_counts.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：包含引导RNA的计数数据
- 文件名称：transomics_ddr_v2-1.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含DDR相关基因的转录组学数据
- 样本信息文件
- 文件名称：sample_replicate_details.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含样本和重复实验的详细信息
数据来源
论文“Parallel CRISPR-Cas9 screens clarify impacts of p53 on screen performance”
适用场景
- 基因工程筛选性能研究: 分析p53状态对CRISPR-Cas9筛选效率的影响
- DDR相关基因功能分析: 基于靶向852个DDR基因的筛选数据，研究其功能角色
- 基因筛选实验设计优化: 探究野生型与p53缺陷细胞中成功筛选的关键因素
- 生物信息学数据分析: 利用提供的代码与结果文件，复现或扩展基因筛选数据分析
