数据集概述
本数据集包含CRISPRi相关实验的原始与处理数据,围绕其非链特异性及转录景观展开,涉及qPCR效率、酵母倍增时间、Northern blot、ChIP-qPCR、Sanger测序等实验结果,共69个文件,为研究CRISPRi的转录调控机制提供数据支持。
文件详解
- 原始图像文件(.jpg、.tif格式):
- 包含Western blot、Northern blot凝胶、电泳条带等原始图像,如Fig S1-1 RAW dCas9 Tubulin HMS2 strains Western 041016 3s.jpg、Fig 2D RAW Phosphorimager 201016 GAL1AS CRISPR expt 2 2h.tif等
- qPCR与ChIP-qPCR数据文件(.rex、.xlsx格式):
- Fig 1C相关.rex文件(如Fig 1C HMS2 S1A AS1A AS3A 1 in 10^6 3x 5 dilutions Click 090517.rex)及处理后的.xlsx文件,用于PCR效率计算;Fig 2补编2的.rex与.xlsx文件,记录dCas9在HMS2位点的ChIP-qPCR数据
- Sanger测序文件(.ab1格式):
- Fig 3C相关.ab1文件(如Fig 3C 3' RACE 436820501_GAL1-ADH1t_RACE_346F_A09.ab1),用于GAL1 S转录本的3'RACE定位
- 酵母倍增时间数据文件(.xlsx格式):
- Fig 1D相关.xlsx文件,记录Bioscreen实验的酵母倍增时间数据
适用场景
- CRISPRi技术机制研究:分析其在不同基因座的链特异性及转录调控效应
- 分子生物学实验验证:复现qPCR、Northern blot、ChIP-qPCR等实验结果
- 转录组学分析:探究CRISPRi对基因表达及转录本结构的影响
- 基因调控机制研究:结合测序与凝胶数据,解析CRISPRi介导的转录景观变化