数据集概述
本数据集包含博茨瓦纳新型隐球菌（Cryptococcus neoformans var. grubii）临床与环境分离株的比较分析数据，涵盖77份环境样本与64例患者分离株的遗传多样性、地理结构及交配型分布等信息，为研究该真菌致病性相关基因提供基础。
文件详解
- 原始数据与文档类
- 文件名称：README_for_RawReads.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含样本批次（Batch1-Batch5）的原始Pacbio reads文件（如Batch1.ccs.fastq）及分离株条形码文件（如Batch1.Barcodes.flt.csv）的说明
- 序列比对文件类
- 文件名称：SOD1.all.noRef.aln.fas、URA5.all.noRef.aln.fas、PLB1.all.noRef.aln.fas、LAC1.all.noRef.aln.fas、TEF1.all.noRef.aln.fas等
- 文件格式：FAS（共9个）
- 字段映射介绍：包含不同基因（如SOD1、URA5）的序列比对数据
- 种群分析文件类
- 文件名称：EBurst.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含Isolate（分离株）、CAP59/GPD1等基因分型及ST（序列类型）字段
- 文件名称：SplitsTree.nex
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：用于SplitsTree软件的种群结构分析输入数据
- 文件名称：Structure.input
- 文件格式：INPUT
- 字段映射介绍：用于Structure软件的种群结构分析输入数据
- 文件名称：SmartPCA.ped
- 文件格式：PED
- 字段映射介绍：用于SmartPCA软件的主成分分析输入数据
- 文件名称：Multiloc.mus
- 文件格式：MUS
- 字段映射介绍：多基因座分析相关数据
- 压缩文件类
- 文件名称：RawReads.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含原始测序reads数据的压缩包
数据来源
论文“Data from: Comparative analyses of clinical and environmental populations of Cryptococcus neoformans in Botswana”
适用场景
- 真菌病流行病学研究：分析博茨瓦纳新型隐球菌临床与环境种群的流行特征及地理分布
- 新型隐球菌种群遗传学研究：探究该真菌的遗传多样性、交配型分布及克隆性/重组事件
- 致病性关联研究：为全基因组关联分析提供基础数据，识别与人类致病性相关的基因和基因型
- 医学真菌监测：支持博茨瓦纳地区新型隐球菌感染的防控与监测工作
