数据集概述
该数据集包含大肠杆菌(E. coli)的细胞生长数据,通过测量波长六百纳米处的光密度(OD600)来确定环丙沙星(CIP)与四环素(TET)组合呈现拮抗作用的条件。实验使用三种支持不同生长速率的M9基础培养基,包含棋盘格实验和批量生长速率实验的相关数据,对应预印本论文的补充图表。
文件详解
- 压缩文件包1:Fig-S1-Growth_rates-Checkerboard_assay.zip
- growth-OD600-Blank_correct.xlsx:Excel格式,含棋盘格实验各孔空白校正后的OD600数据,列C(Content)定义各孔抗生素浓度,“Blank B”为阴性对照
- growth_data.xlsx:Excel格式,经五窗口移动中位数平滑和异常值校正的处理后数据
- time_h.xlsx:Excel格式,MATLAB绘制剂量反应图(图S1B)所用的时间数据(小时)
- analysis_code_checkerboard_assay.m:MATLAB脚本,用于生成图S1B的分析代码
- 压缩文件包2:Fig-S2-Bulk_doubling_rates-Bioreactor.zip
- bulk_doubling rates_gly/glu/gluaa.csv:CSV格式,含三种培养基下各抗生素处理(Ctrl、CIP、TET、CIP-TET)的三重复实验倍增率数据
- 各培养基实验重复文件夹(以实验日期命名):含原始OD600测量文本文件、实验总结文档、compute_growth_rates.m函数脚本、Growth_curves_*.m绘图脚本
- 说明文件:README.txt:文本格式,含论文DOI、作者信息、数据集管理者及方法学参考说明
适用场景
- 抗生素相互作用研究:分析环丙沙星与四环素对大肠杆菌的拮抗作用机制
- 微生物药物敏感性测试:探索抗生素组合用药的效果评估方法
- 细菌生长动力学分析:研究不同培养基和抗生素条件对大肠杆菌生长速率的影响
- 生物信息学方法验证:复现预印本论文中的数据处理与分析流程