代谢物生物转化反应数据库-2021-thedevastator
数据来源：互联网公开数据
标签：代谢物,生物转化,酶催化,生物化学,代谢途径,药物相互作用,生物信息学
数据概述：
本数据集MetXBioDB收录了来自BioTransformer数据库的生物转化反应及代谢物信息，旨在帮助研究人员深入了解代谢物转化和代谢过程中涉及的酶和生物化学反应。数据集包含三个文件：metxbiodb.csv、substances.csv和authorslists.csv。metxbiodb.csv文件包含生物转化反应中底物和产物名称或标识、酶信息、反应类型、生物转化类型、生物系统、产物和底物的InChIKey标签以及实验引用和结果。substances.csv文件提供了代谢物的属性信息，包括Molfile、InChIKey/InChI、PubChem ID、分子结构的SMILES表示以及同义词。authorslists.csv文件包含了与各个反应相关的作者信息。
数据用途概述：
该数据集适用于代谢物研究、生物转化酶催化氧化还原反应分析、代谢途径图谱绘制等多种场景。研究人员可以利用此数据集探索基因和酶如何影响代谢物生物转化反应，分析基因多态性与代谢适应性的关系；探索不同药物在人体内的相互作用，了解其代谢转化反应；利用生物信息学方法识别潜在的药物靶标生物活性分子，为进一步的实验室实验或临床试验提供依据。此外，该数据集还适用于教育和展示，帮助学生和教师理解复杂的代谢生物化学过程。
举例：
数据集中的每个代谢反应记录包含以下关键信息：
- 底物名称：生物转化反应中使用的底物名称。
- 底物InChIKey：每个底物的唯一标识符，即其InChIKey值。
- 酶：与反应相关的酶名称。
- 反应类型：反应的类型，如氧化或还原。
- 生物转化类型：生物转化的类型，包括羟基化或甲基化等。
- 生物系统：负责进行生物转化反应的生物系统类型。
- 产物名称/InChIKey/SMILES/同义词1/同义词2：提供产物（最终结果）的相关信息，包括名称、InChIKey值、SMILES字符串等。
- 引用：提供研究该化学转化的引用来源。
为了更好地使用该数据集，研究人员可以参考以下在线资源：
1. PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)：通过常用名称、InChIKey或SMILES字符串搜索结构相关结果，如具有相同结构的药物名称和其他类似代谢物。
2. Uchida Database (http://uchida-biotranzfileset02e03a03a01a00x00x0003k012feo6f0_fullset_corr_map2str1str2str3str4mmolprd01cafr01fr02extvini04redivini05classspec06stereo07altrep09atommap10htl12hlacp13iserocdis1500opbt1550space1700arylsys1800int)：获取更多的生物转化反应和代谢物信息。
